元明清時期最高的高等學府和教育行政機構是國子監。
元初設國子監，隸屬集賢書院，隸屬郭子學派，設酒祭司，掌管教令；程健，專門研究監獄事務。此外，還設立了另壹所蒙古子部和回國子部，也稱為國子監，以顯示他們與漢人和南方人的區別。明清時期，國子監具有國家教育行政和最高學府的雙重性質。明代國子監規模較大，分兩個監獄，壹個在南京，壹個在北京。
南澗建於明太祖洪武十五年(1382)，規模特別大。永樂元年(1403)在北京設立國子監，設侍酒員壹人，管理事務員壹人，監工壹人，編書員壹人。
清代沿襲明制，國子監掌管各類官學(宗教學校除外)，設置管理監察大臣；酒祭滿，韓各壹員；壹個給，壹個給孟，壹個給韓。此外，還有督學、博士、典書、經典等學術官員。