1995年，駐沖繩美軍士兵強奸少女事件在沖繩引發了大規模的反對美軍基地運動，為平息這壹浪潮，日美兩國政府進行了多次協商。在1996年12月舉行的日美安全保障委員會會議上，通過了關於沖繩美軍基地問題的最終報告和普天間機場問題的附加文件。在普天間基地搬遷問題上，雙方同意設立日美"普天間機場轉移實施委員會"，在以後的5至7年裏建成充分的替代設施，在可以投入使用後歸還普天間機場。日本政府提出在沖繩縣名護市建設美軍海上航空基地，但遭該市大多數人反對，替代機場壹直沒有動工修建。此後10年間兩國就普天間機場遷址問題壹直爭執不休。
琉球群島在歷史上曾有琉球國等獨立之國家，古琉球國並與中國建立長久的朝貢關系，因水路之便而成為鄰近國家的貿易樞杻。目前由二戰戰敗國日本管轄，但部分地區行政權仍由美國行使，駐日美軍基地約70%以上集中在琉球。1972年，美軍將琉球群島移交給日本托管(主權不屬於日本)，琉球民眾曾聚眾抗議美軍剝奪他們獨立自主的權利。據《波茨坦公告》第8條的補充規定:"開羅宣言之條件必將實施，而日本之主權必將限於本州，北海道，九州，四國及吾人所決定其他小島之內。"當前全世界各地，均有支持"琉球國復國的運動"，另亦有要求自治或實行壹國兩制的主張，由於長期受到中國閩南文化的影響，風俗習慣與日本文化有些不同。而且琉球是被日本強行霸占和吞並的。琉球人民謀求自治的努力和行動壹直沒有停歇。
普天間基地，位於沖繩群島宜野灣市普天間川市中心，是駐沖繩美國海軍陸戰隊的基地，普天間機場是美海軍陸戰隊在日本最大規模的武裝直升機機場，有100多架直升機。2012年10月1日，駐日美軍的6架MV-22 "魚鷹"傾轉旋翼機陸續從山口縣巖國基地起飛，飛往部署地沖繩縣美軍普天間基地進行部署;6日，最後3架"魚鷹"也飛往沖繩，美軍在沖繩部署工作宣告結束。