復旦大學院系設置如下：
中國語言文學系、外國語言文學學院、歷史學系、旅遊學系、文物與博物館學系、哲學學院、法學院、國際關系與公***事務學院、社會發展與公***政策學院、新聞學院、經濟學院、泛海國際金融學院、馬克思主義學院、國際文化交流學院。
數學科學學院、物理學系、現代物理研究所/核科學與技、化學系、高分子科學系、環境科學與工程系、大氣與海洋科學系、信息科學與工程學院、計算機科學技術學院、軟件學院、微電子學院、航空航天系、材料科學系、生命科學學院、大數據學院、管理學院、基礎醫學院、臨床醫學院、公***衛生學院、藥學院、護理學院、藝術教育中心、體育教學部、繼續教育學院。
分析測試中心、實驗動物科學部、出土文獻與古文字研究中心、高等教育研究所、古籍整理研究所、國際問題研究院、科技考古研究院、六次產業研究院、馬克思主義研究院、全球公***政策研究院、社會科學高等研究院、文史研究院、現代語言學研究院、壹帶壹路及全球治理研究院、中國歷史地理研究所、中國研究院、大氣科學研究院、大數據試驗場研究院。
大數據研究院、代謝與整合生物學研究院、復雜體系多尺度研究院、工程與應用技術研究院、類腦芯片與片上智能系統研究、類腦智能科學與技術研究院、人類表型組研究院、上海數學中心、手性分子工程中心、微納電子器件與量子計算機研。
先進材料實驗室、專用材料與裝備技術研究院、智能復雜體系基礎理論與關鍵、智能機器人研究院、放射醫學研究所、腦科學研究院、生物醫學研究院、腦科學轉化研究院、芯片與系統前沿技術研究院、光電研究院（等）。