1、出自嬴姓
出自帝顓頊裔孫伯益之後趙奢的封地馬服，屬於以居邑名為氏。舜帝時候，伯益因幫禹治水有功，又為舜馴服鳥獸，被舜賜姓嬴氏，嬴姓出現，舜把自己的姚姓的女兒嫁給他。舜帝，姚姓，舜，以地取姓為姚，其後代即以姚為姓。
馬服本是戰國時期趙國的壹塊土地，位於今天河北省邯鄲市西北的紫山。戰國時趙國大將趙奢於公元前270年率軍在秦、趙閼與之戰中大敗秦軍，趙惠文王因此把馬服壹地分封給趙奢，並賜其號為“馬服君”，與廉頗、藺相如職位相等。趙奢的子孫後代便以“馬服”為姓，後又改為單姓“馬”。
此後，馬家後代又在西漢武帝時期從馬服遷到了當時的右扶風茂陵（今陜西興平東北）定居下來，所以《姓譜》壹書中記載說，“馬”姓的發源地是扶風。 後來，馬服氏又省文簡化為單姓，稱馬氏。該支馬氏族人主要居住在趙國都城邯鄲壹帶，後逐漸遷往各地，世代相傳至今。
2、源於改姓
出自漢朝大司徒馬矢氏，屬於復姓省文簡化改姓為氏。漢朝有個大司徒叫馬宮，他本為復姓馬矢氏，後馬宮以仕學名揚，遂省文去“馬矢”中的“矢”而改單姓馬氏，其後裔子孫世代相傳至今。
3、源於官位
出自春秋時期楚國官吏巫馬，屬於以官職稱謂為氏。巫馬，是春秋時期楚國設置的壹種官位，專門負責給馬匹治病。古代，巫、醫同義，因此稱巫馬。在典籍《周禮·地官·巫馬》中記載：“巫馬，掌養疾馬而乗治之，相醫而藥攻馬疾。”就相當於今天的獸醫。
在巫馬的後裔子孫中，把先祖官職稱謂拿來作為為姓氏者，稱巫馬氏，後省文簡化為單姓馬氏、巫氏，皆世代相傳至今是非常古老的姓氏之壹。
4、源於少數民族改姓
源於回族，屬於文化上漢化改姓為姓，回族中馬姓主要與阿拉伯、波斯人名的音譯，特別是與伊斯蘭教創始人穆罕默德的音譯有關，因為馬與穆諧音，所以古籍許多著述中都將穆罕默德譯作馬哈麻。
這種譯法對清代及後代影響很大，如清代徐珂《西域水道記》、魏源《海國圖誌》等均將人名中的首音“穆”譯為“馬”。在這種情況的影響下，回族又不似漢族那麽重視姓氏譜系，而是可以自由選姓使用，故很多回族人便選用了“馬”姓。
5、出自西周時期官吏馬質
屬於以官職稱謂為氏。馬質，是西周時期設置的官位，專職掌管馬匹的征收，並負責檢驗馬匹的質量。 在典籍《周禮·夏官·馬質》中記載：“馬質，掌質馬，馬量三物，壹曰戎馬，二曰田馬，三曰駑馬，皆有物賈。”?
在馬質的後裔子孫中，把祖官職稱謂為姓氏者，稱馬質氏，後來簡化為單姓馬氏，世世代代相傳至今，也是歷史久遠古老的姓氏之壹。