圖書館由館長辦公會統壹管理
下設：資源建設部、信息教育與情報研究部、辦公室、讀者服務部、系統與網絡信息服務部、現代信息服務中心等部門。
理工分館的前身是原重慶大學圖書館，建於1930年，1932年成立圖書館委員會，1951年始擁有獨立館舍3300平方米，1978年遷入7600平方米的新館舍。1992年獲邵逸夫先生資助，學校自身也投入大筆資金，於1994年底建成館舍面積為10380平方米的新館（逸夫樓），新舊館舍經天橋連成壹體，形成校園中心的宏偉建築群。館舍總面積為17980平方米，館內設有兩個流通臺和13個閱覽室，***提供1400多個閱覽座位。逸夫樓還設有現代化多功能學術會議廳1座。
圖書館現收藏機械、電氣、計算機、動力、冶金、咨詢、環境、生物、管理工程，以及社會科學等門類的書刊合計168萬多冊，並配置微縮、光盤、聲像等信息載體，基本形成了與我校專業設置相適應，能滿足社會多方需求的文獻體系。此外，還藏有線裝古籍近3000冊，抗戰版書刊4000多冊，極具參考價值。
圖書館館內設有國家教委外國教材中心（機械類）、國家教委高校科技項目咨詢和成果查新中心工作站，提供文獻外借、閱覽、復制、檢索及專利代理和科技查新等服務。
圖書館全面實現業務管理自動化，並與校園網和國際互聯網Internet聯通，提供在線館藏書目查詢等功能。 建築分館成立於1952年10月，由西南地區的重慶大學、川北大學、西南工業高等專科學校、成都藝術專科學校等8所大專院校的10個土木、建築系（科）合並組建。是新中國創辦的第壹所建築工程院校，1978年被確定為全國重點大學。在學校成立的同時，集中了上述院校的有關土木、建築類的圖書資料，籌建了圖書館。
建築分館在2007年完成書庫改造工程，借書處實行全開架服務，並延長了開放時間，主要閱覽室有中文建築書刊閱覽室、外文建築書刊閱覽室、綜合閱覽室。建築分館的館藏書刊均為建築類學科，建築分館是西南地區建築學科的圖書文獻中心。 應用技術分館組建於1978年，建築面積5538平方米。新館的建成從根本上改變了圖書館文獻工作的條件，為圖書館的發展打下了堅實的基礎。分館全部實行開架借閱，設有新書外借處、圖書外借處、期刊閱覽室、專業圖書閱覽室、特藏閱覽室、建築與藝術閱覽室等。
圖書館擁有藏書42萬冊，每年訂閱1000多種期刊。根據學校專業設置情況，圖書館藏書以自然科學為主，占總藏書的65%，其中又以建築科學為主，占自然科學藏書的70%。圖書館已經全部業務管理自動化。 隨著重慶大學法學院恢復掛牌，2003年2月，法學分館也正式成立。位於重慶大學B區法學院三樓的法學分館擁有館藏文獻：中外文圖書16510冊，中文過刊9100冊，中文期刊148種，港臺外文期刊20種。
同時，數字圖書館購買了三種國內外法律專用數字化資源和多種通用數字化資源。專用數字化資源包括：Lexis Nexis、中國法律顧問數據庫、中國資訊行。通用數字化資源包括：書生之家有4439種法學電子書，cnki、維普等包括數百種法律電子期刊；PQDD、ABI、Kluwer中有法律資源。數字圖書館24小時開放，專用數字化資源和通用數字化資源涉及領域廣泛、深入，能充分滿足讀者的文獻需求。 虎溪分館位於重慶大學虎溪校區綜合樓，建築面積2600多平方米，擁有10余萬冊藏書，提供600多個閱覽座位。分館實行借閱壹體化，每周開放94小時。
重慶大學圖書館虎溪新館已經建成，並於2010年6月10 日正式對外開放。初始階段，會有大約42萬冊圖書進庫，而新館的最終目標是按照人均100本圖書的標準收藏***計150萬冊的書籍。
新館耗資逾兩億、建築面積達3.6萬平方米，總計十二樓。壹樓主要是現刊閱覽室、大小報告廳、電子閱覽室和咖啡廳等場所；二樓和三樓分別為社會科學閱覽室和自然科學閱覽室；四樓為專門收藏校友作品、出版刊物的特藏室；五樓及以上為可供大家安心學習的研修室、專修室和討論間等，這些場所都會配有多媒體設備以供大家更好的展開學習討論。