清代太醫院將醫學分科設定為九科，不設按摩科。除正骨科采用手法治療和壹些醫家在臨床實踐中主動結合手法治療外，推拿手法基本在民間流傳和發展。《醫宗金鑒》是乾隆年間由朝廷組織人員，由太醫院判吳謙於1742年主編完成的壹部大型醫學叢書。該書作為太醫院的教科書，比較系統地總結了清以前的正骨治療手法，其中以“正骨八法”為代表的骨傷科治療手法至今仍占有重要的學術地位。
《醫宗金鑒》認為，手法為“正骨之首務”，確立了手法在正骨科的地位：“夫手法者，謂以兩手安置所傷之筋骨，使仍復於舊也。但傷有輕重，而手法各有所宜。其痊愈可之遲速，乃遺留殘疾與否，皆關乎手法之所施得宜，或失其宜，或未盡其法也。蓋壹身之骨體，既非壹致，而十二經筋之羅列序屬，又各不同，故必素知其體相，識其部位，壹旦臨癥，機觸於外，巧生於內，手隨心轉，法從手出。或拽之離而復合，或推之就而復位，或正其斜，或完其闕，則骨之截斷、碎斷、斜斷，筋之弛、縱、卷、攣、翻、轉、離、合，雖在肉裏，以手捫之，自悉其情。法之所施，使患者不知其苦，方稱為手法也。況所傷之處，多有關於性命者，如七竅上通腦髓，膈近心君，四末受傷，痛苦人心者。即或其人元氣素壯，敗血易於流散，可以克期而愈，手法亦不可亂施；若元氣素弱，壹旦被傷，勢已難支，設手法再誤，則萬難挽回矣。此所以尤當審慎者也。蓋正骨者，須心明手巧，既知其病情，復善用夫手法，然後治自多效。誠以手本血肉之體，其宛轉運用之妙，可以壹己之卷舒，高下疾徐，輕重開合，能達病者之血氣凝滯，皮肉腫痛，筋骨攣折，與情誌之苦欲也。較之以器具從事於拘制者，相去甚遠矣。是則手法者，誠正骨之首務哉”。
《醫宗金鑒》詳細論述了摸、接、端、提、推、拿、按、摩“正骨八法”，這是對正骨手法的首次科學總結。其中的摸法為診斷手法，又稱捫診、摸診或觸診。接、端、提主要是骨折整復手法；推、拿、按、摩主要是軟組織手法。該書對“筋”（即軟組織）病的觀察與分類、對骨病的描述和“骨縫開錯”理論的提出、對骨傷推拿有極大的指導意義。
《醫宗金鑒》記載了很多骨傷推拿手法，如：
關於胸椎錯骨縫（後關節紊亂），該書主張先手法放松軟組織，再行按脊復位手法，並配合藥物內服外敷：“先受風寒，後被跌打損傷者，瘀聚凝結，若脊筋隴起，骨縫必錯，則成傴僂之形。當先揉筋，令其和軟；再按其骨，徐徐合縫，背膂始直。內服正骨紫金丹，再敷定痛散，以燒紅鐵器烙之，覺熱去敷藥，再貼混元膏”。
關於腰部軟組織損傷，該書卷八十九介紹了壹種牽引上身舒筋法：“腰骨，即脊骨十四椎、十五椎、十六椎間骨也。若跌打損傷，瘀聚凝結，身必俯臥，若欲仰臥、側臥皆不能也。疼痛難忍，腰筋僵硬，宜手法：將兩旁脊筋向內歸附膂骨，治者立於高處將病人兩手高舉，則脊筋全舒，再令病人仰面昂胸，則膂骨正而患除矣。內服補筋丸，外貼萬靈膏，灸熨止痛散”。
關於頭部跌打損傷，該書采用拔伸頸椎加棒擊足心法治療：“凡頭被傷，而骨未碎筋未斷，雖瘀聚腫痛者，皆為可治。先以手法端提頸項筋骨，再用布纏頭二三層令緊，再以振梃輕輕拍擊足心，令五臟之氣上下宣通，瘀血開散，則不奔心，亦不嘔呃，而心神安矣。若已纏頭，拍擊足心竟不覺痛，昏不知人，痰響如拽鋸，身體僵硬，口溢涎沫，乃氣血垂絕也，不治”。
關於顳頜關節脫位，該書主張“單脫者為錯，雙脫者為落。凡治單脫者，用手法摘下不脫者，以兩手捧下頦，稍外拽，復向內托之，則雙鉤皆人上環矣。再以布自地閣纏繞頭頂以固之”。
除《醫宗金鑒》外，清代其他醫學專著如《捏骨秘法》、《傷科大成》、《按摩經》、《動功按摩秘訣》、《石室秘錄》、《傷科補要》、《壹指定禪》等均有不少骨傷手法治療的內容。
小兒推拿興起於明代後期，首先在中國的南方地區民間流行。清代小兒推拿在民間進壹步流傳並向全國發展。正如《厘正按摩要術》陳桂馨序所說：“按摩壹法，北人常用之。
曩在京師，見直隸滿洲人，往往飲啖後，或小有不適，輒用此法，雲能消脹懣，舒經絡，亦卻病之良方也。南人專以治小兒，名曰‘推拿’。習是術者，不必皆醫。每見版鋟‘某某氏推拿驚科’懸諸市。故知醫者略而不求，而婦人女子藉為啖飯地也”。
除了在民間流傳外，小兒推拿也得到了壹些醫生（主要是兒科醫生）的重視。如康熙時名醫夏鼎不僅以藥餌活人，而且將推拿法用於兒科治療。所著《幼科鐵鏡》壹書，就以推拿為主。
在此期間，小兒推拿適應證從早期的驚風擴大為小兒科大多數疾病。
這壹時期小兒推拿著作的數量明顯增加，但主要以繼承為主，述而不著作，在理論、手法和臨床上未見重大創新。
清代質量較高的小兒推拿著作有《推拿廣意》、《幼科推拿秘書》、《幼科鐵鏡》、《保赤推拿法》、《推拿小兒全書》、《厘正按摩要術》等。
《推拿廣意》3卷，為清代熊應雄所輯，陳世凱重訂，約成書於清康熙十五年（1676）。又名《小兒推拿廣意》。上卷首列總論，論述推拿在小兒驚風治療中的作用，其大旨源於《補要袖珍小兒方論》；次敘兒科診斷和治療手法，介紹手足45個小兒推拿特定穴的主治，以圖譜示之；手法著重介紹推法和拿法，並提出了“推拿手部次第”和“推拿面部次第”，即手部和頭面部的推拿操作常規程序；還繪有“推坎宮”、“推攢竹”、“打馬過天河”等21幀手法操作圖，並有文字詳解；最後為“臟腑歌”，源於《小兒按摩經》“手法歌”和《小兒推拿秘旨》“五臟主病歌”，論述臟腑病證的小兒推拿方法。中卷主要論述胎毒、驚風、諸熱等17種病證的推拿治療。下卷附有治療兒科常見病的內服、外用方劑187首。該書是清代第壹部小兒推拿專著，也是影響最大的小兒推拿著作。明代的小兒推拿，大多以治療驚風為主，其他疾病往往述之不詳。本書除專設驚風壹門外，還設諸熱、傷寒、嘔吐、泄瀉、腹痛、痢疾、瘧疾、積癥、痞癥、病癥、咳嗽、腫脹、目疾、雜癥諸門，擴大了小兒推拿的治療範圍。本書和明末《萬育仙書》中所繪的推拿手法操作圖，是對小兒推拿的壹大貢獻。
《幼科推拿秘書》5卷，為駱如龍所撰寫，駱民新抄訂，成書於康熙三十年（1691）。該書卷四有“推拿病證分類”。
《幼科鐵鏡》6卷，為夏鼎所撰，成書於康熙三十四年（1695）。該書為兒科專著，但作者特別重視小兒推拿，卷壹即載有小兒推拿法，凡例中亦有小兒推拿內容。書中所錄小兒推拿法，均為作者家傳或臨床親驗，圖穴亦經兩代考索。臨床不效者，如“老漢扳罾”、“猿猴摘果”之類，均予刪除。作者認為“用推拿就是用藥味”，故作“推拿代藥賦”。如以“推上三關，代卻麻黃、肉桂；退下六腑，替來滑石、羚羊”。推拿須在下午，不宜在早晨；慢驚屬虛，宜藥不宜推等觀點，亦成壹家之言。
《保赤推拿法》為夏雲集編著，成書於光緒十年（1885）。書前凡例，首釋拿、推、掐、搓、搖、撚、扯、揉、運、刮、分、和等12種小兒推拿常用手法，言簡意賅；次述小兒推拿註意事項，並附有“推拿藥賦”。正文首先描述開天門、分推太陰太陽、掐天庭至承漿以及揉耳搖頭四法，主張推拿小兒皆應先用此四法以開關竅，然後辨證擇用諸法。其次簡介揉太陽等穴的手法操作及主治，並主張推畢各穴以掐肩井收功。作者世傳醫道，並親自在金陵育嬰堂設小兒推拿專科，故是書所錄手法，均為切合臨床之實用效法。
《推拿小兒全書》為徐宗禮編著，光緒三年（1877）成書。開始部分為三字句歌訣體，後人稱之為《推拿三字經》。後有“推拿三字經序”和四言脈訣，並有推拿插圖和操作方法，內容比三字經多。徐氏認為古書所載推拿，皆適用於小兒，而人的經絡氣血，老幼沒有本質的不同。只要根據年齡大小相應地調整推拿次數，小兒推拿法同樣適用於成人。手法操作上，主張四歲以下嬰兒推拿300次，小兒為3000次，16歲以上的成人可達3萬次，並主張獨穴多推，如霍亂吐瀉獨推板門，流行性腮腺炎獨取六腑。本書推拿治療範圍亦有所擴大。除常見的小兒疾病以外，作者還根據當時的疾病流行情況，將推拿用於治療霍亂、瘟疫、流行性腮腺炎、瘡瘍、肺結核、腎虛牙痛等病證。徐宗禮還以方劑的功效類比、概括穴位推拿的作用，如推三關功同參附湯，運八卦為調中益氣湯等。
《厘正按摩要術》4卷，為張振鋆所編著，成書於光緒十四年（1888年），又被稱為《小兒按摩術》。該書對明代以來流行的按、摩、掐、揉、推、運、搓、搖小兒推拿八種基本手法作了全面總結，還介紹了20種外治法的具體運用以及24種小兒常見病證的辨證、推拿和方藥治療，並將胸腹按診法引入了小兒推拿。本書是清代後期小兒推拿手法學較重要的著作。
盡管明代中後葉按摩科被取消，直至清代成人內婦雜病的推拿治療也不能正規開展，但是仍有壹些內婦科甚至眼科的手法治療的內容散見於不少當時的醫學文獻之中。