秦統壹以後，丞相王綰首先提出全國地方太大，難以管理，要求象周代那樣，封秦始皇諸子為王。秦始皇召開群臣會議討論，群臣都贊同王綰的意見，只有李斯提出不同的意見。他說：周文王、周武王封的子弟很多，後來壹個個都疏遠了，互相視為仇敵，經常發生戰爭，周天子也不能禁止。現在天下壹統，應實行郡縣，天下才得以安寧。秦始皇也認為，天下已經統壹了，再立許多國，不利於統壹，安寧也沒有保障，所以支持李斯的意見。於是，他把全國分為三十六郡，郡以下為縣。郡縣制比之分封制是壹個進步，有利於國家的統壹。
秦始皇三十四年（前213年），群臣聚集在鹹陽宮稱頌秦始皇時，博士淳於越很不知趣，向秦始皇說：殷周之所以存在千年，是因為它把天下分封給子弟和功臣。現在天下如此之大，宗室子弟沒有封地，和百姓壹樣，萬壹發生了田常、六卿之變，又有誰來相救呢？凡是不以古為師而天下能長久的，沒有聽說過。淳於越是以儒家的立場來看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行動是格格不入的，使得秦始皇大為不滿，把淳於越交給丞相李斯處理。李斯不贊同淳於越的看法，他向秦始皇闡述了自己的觀點。他認為：由於時代的變化，五帝三代的治國辦法也不同。三代時期的做法，也並不值得效法。那時候諸侯並列，互相爭奪，現在天下統壹，情況完全不同，不必效法古代。現在的壹些儒生總講古代如何如何好，這是以古非今，攪亂民心。對於造謠惑眾，不利於統壹天下的言行必須禁止，否則將會影響政局的穩定，有損於皇帝的權威。最後，他又把這壹切都歸罪為讀書的緣故，建議秦始皇下令焚書。
按照李斯制定的法令，那是相當殘苛的。凡是秦記以外的史書，不是博士（指掌管古今文史典籍的官）所藏的詩、書、百家語都要燒掉，只準留下醫藥、蔔筮、種樹之書。此後，如果有敢再談論詩書者“棄市”（指在鬧市區執行死刑，並將屍體暴露街頭，稱為棄市）；“以古非今者族，（指壹人有罪，父母兄弟妻子皆受刑，稱為族）”；官吏如果知道而不檢舉者，與之同罪；令下後三十日仍不燒者，黥(意為用刀刺刻額頰等處)再潦上墨為“城旦”（壹種刑罰，輸邊築長城四年）。有想學習法令的，要以吏為師。
這次焚書的原因，是由於討論是否分封的問題而引起的，無論是主張分封還是反對分封的大臣，都是為了秦始皇長久統治打算蔔他們並無根本利益上的對立。李斯借題發揮，最後竟造成焚書的結局，也不是沒有緣由的。
秦國自商鞅變法以來，壹直是以法家理論作為治國的指導思想。秦始皇統壹天下之後，也是以法家治國的。在他當皇帝的九年中，主要精力是用在建立中央專制政權，劃定全國疆域，統壹文字度量衡，修築長城等，對文化思想方面很少註意。淳於越以儒家思想為秦始皇出謀劃策，是不利於秦的中央集權統治的。因此，善於領會秦始皇意圖的李斯，為了打擊儒家勢力，鞏固統壹政權，提出了上述焚書的主張，得到了秦始皇的同意和批準。於是，秦始皇下令焚書，先秦許多文獻古籍都被燒掉了，使中國文化遭到了巨大的損失。
在焚書的第二年，即秦始皇三十五年（公元前212年），兩個術士暗地裏誹謗秦始皇，並亡命而去。秦始皇得知此事，大怒，派禦史調查，審理下來，有四百六十余人因此被坑殺。這就是歷史上的“坑儒”事件。雖然後世稱此事為“坑儒”，但其實被坑殺的是術士，與儒生無關。司馬遷在《史記·儒林列傳》中已有明言：“及至秦之季世，焚詩書，坑術士。”可見，根本就沒儒生什麽事。但自東晉年間，梅頤獻《古文尚書》，附有孔安國所作的《尚書序》，其中有雲：“及秦始皇滅先代典籍，焚書坑儒，天下學士，逃難解散。我先人用藏其家書於屋壁。”這時，坑術士第壹次被變性為坑儒。後來，隨著《古文尚書》被定為官書，坑儒的說法於是沿襲下來，遂成定論。對於梅頤所獻的《古文尚書》及孔安國所作《尚書序》，前人多有辨疑，到了清代，其偽書的身份已成蓋棺定論。偽造者將坑術士改為坑儒，其實也只是為了引出下句“我先人用藏其家書於屋壁”，從而表示《古文尚書》其來有自。考其最初用意，大概也只是欲售其偽，並無心向趙政潑臟水。後世卻據此將坑儒判為鐵案，想必是大大出乎其意料之外的了。