程毅中1959年開始編纂《海瑞集》，在文革前還編輯了《全元散曲》、《孔尚任詩文集》、《元曲選外編》、《王船山詩文集》、《徐渭集》等古籍。1966年文革開始，中華書局業務基本停頓，除了二十四史的校點工作，於1971年重新提上日程之外，偶爾會零星有點中央交辦的古籍重印任務，比如《李註文選》、《李太白全集》等。1976年11月他整理出版的《陸遊集》。
對於新版古籍的特點，程毅中更是了如指掌。1981年，程毅中被任命為中華書局副總編輯，在主管中華書局文學編輯室工作期間，除制定古典文學出版規劃外，程毅中還參與制定了1982-1990年國家古籍整理出版規劃。程毅中表示，這對古籍整理意義重大。他講到壹個小故事，當年中華書局準備出版逯欽立輯錄的《先秦漢魏晉南北朝詩》，就建議作者再整理壹遍。逯欽立很高興，可惜不久就去世了。1975年，程毅中有意促成此書出版，就去長春找逯欽立的家屬。當時還是文革期間，出書是沒有稿費的，所以沒談成。直到改革開放後，由於古籍整理出版的政策調整，稿費得到了落實，這套惠及後學的《先秦漢魏晉南北朝詩》才終於面世。1992年12月，程毅中從中華書局退休，但他仍然關心古籍整理工作，經常去高校、出版社演講或培訓新的古籍整理工作者。2007年，程毅中受聘為全國古籍保護專家委員會成員。
在程毅中略顯逼仄的書房內，兩壁的書櫥中滿是新版的或線裝的古籍，書桌上也堆滿了繁而有序的資料，正中放著壹冊黑底紅字的《古體小說鈔》。退休後，程毅中從事最多的是古代小說研究。他說，除這套《古體小說鈔》外，還整理了《玄怪錄》、《續玄怪錄》等小說，但最珍視、花精力最多的是《宋元小說家話本集》。整理古籍是程毅中的主要工作，但他的業余愛好是研究中國古代小說史及古典詩詞戲曲。