該書主要貢獻在於：編輯體例嚴謹，引用材料大都註明出處，並保存了大量未見於它書的琴學論著，尤其是壹部分早已散佚的唐宋琴書，如唐陳拙《琴書》、唐李勉《琴徽字議》、唐王大力《琴聲律圖》、宋田紫芝《太古遺音》南宋嘉定間楊祖雲《琴苑須知》宋《振古琴苑》元陳敏子《琴律發微》等。其中《琴律發微》壹書幾乎全書采入。此外如宋僧居月《琴制》，宋苗滋《琴德發源》，宋成玉《指張》、《琴論》、《紫陽琴書》，山陽野夫《琴議》、《宋本苗氏手校琴譜序》，元胡長孺《霞外琴譜序》，明宋濂《跋太古遺音》及有關宋末浙派琴家毛敏仲、徐天民等人的史料，都極為難得，彌足珍貴。
此書流傳甚罕。現存明刊本僅中國藝術研究院音樂研究所、天津圖書館與上海圖書館各藏壹部，中華書局已影印出版,載《琴曲集成》第5冊。另《千頃堂書目》載《永樂琴書集成》精寫本，其子目與《琴書大全》完全相同，原本現存臺灣，近人查阜西認為可能是明季書商的偽作。