《本草綱目》共52卷1832種中藥，分為16部(綱)62類(目)。1-4卷是全書的附錄，包括前言、例題、目錄、附圖、參考書目、資料和壹些醫學基礎理論等。在第五卷之後，是這本書的主要部分。李時珍將1832種藥物分為16部分:水部分、火部分、土部分、金石部分、草部分、谷部分、菜部分、果部分、木部分、役部分、蟲部分、鱗部分、介部分、禽部分、獸部分、人部分。每個部分又分為幾類，* * * 62類。其中植物1995種，動物440種，礦物357種。
在每種藥物下，分別作如下解釋:
1.小結——說明此藥的古今起源、演變、形態、采集方法。
2.名稱解釋——描述古今各藥的性同義詞，確定名稱。
3.是非——糾正古人和普通人的錯誤。
4.修復-描述如何將其制成藥物。
5.氣味-記錄這種藥物的性質和味道。
6.適應癥-解釋這種藥物的療效和用途。
7.發明——闡述自己觀察實驗的經驗。
8.附方-古今醫家臨床驗方。
中國的生藥壹直以草木為主。《本草綱目》收錄了近2000種藥物，既有米、豆、花、果等植物，也有蟲、魚、鳥、獸、玉等動物和礦物質。用“本草”來概括他們的稱謂，大概與“道方，本草石寒溫，病淺深……”這幾個字有關吧諸如此類。
因為這本書收集的藥物數量眾多，分類繁多，這裏就不贅述了。我們僅以書中動物的藥材為例來看重點。有440種用於動物的藥物。除了地位最高的人之外，李時珍還把他們分為五類:蟲、鱗、中、禽、獸。粗略地說:
1.昆蟲——大部分相當於現代生物學中的昆蟲(包括少部分兩棲動物)
2.規模-相當於魚類和爬行動物。
3.中等-相當於軟體動物蝸牛。
4.鳥-鳥。
5.動物-哺乳動物。
同時，書中收錄歷代醫家臨床處方1096種，其中新增8100余種。
自萬歷二十四年(公元1596年)金陵(今南京)第壹次出版《本草綱目》以來，不僅在國內成就空前，而且在國外也廣為流傳。就連創立進化論的英國大科學家達爾文也多次在著作中提及此書，並稱之為“1596年出版的中國大百科全書”。《本草綱目》第壹版金陵版出版。除了大量的原版再版，它被壹版壹版地傳閱。清代有許多《本草綱目》、《本草綱目》、《本草綱目》的簡縮本，以及《本草綱目》、《本草綱目》的版本。國外不僅有日本的各種再版，還有全譯的《本草綱目》。此外，還有東西方國家的英、法、德、俄、拉丁、韓文等十余種譯本。