古書傳抄錯誤或書缺簡脫在所難免，為求其保存上的完整，歷來皆有古籍的整編工作。西漢對於兵法文獻的整理，根據《漢書?藝文誌?兵書略》的記載，曾經有三次。第壹次是在西漢初年，“張良、韓信序次兵法，凡百八十二家，刪取要用，定著三十五家”。這三十五部也就是當時官方的兵書精華，但不知《孫子兵法》是否被選入其中，不過以韓信用兵常以《孫子兵法》為活用準則，蓋可推斷當在其中。第二次整理是在漢武帝時候，“軍政楊仆捃摭遺逸，紀奏兵錄”。第三次兵書整理為孝成帝時代。當時實施全國性的大規模圖書搜集工作，由光祿大夫劉向統領校讎整編。在兵書方面則由步兵校尉任宏負責，整理後之兵書歸入於《七略》之中。西漢三次兵書整理後，《孫子兵法》在兵學中的地位得以確立。此次整理，“任宏論次兵書為四種”，兵書被區分為兵權謀、兵形式、兵陰陽、兵技巧等四類，而《孫子兵法》則列權謀類之首。後《七略》失傳，壹些基本的內容由班固《漢書?藝文誌》保存下來。不過《漢書?藝文誌》所錄《孫子兵法》為八十二篇，清朝學者畢以珣在《孫子敘錄》中指出了篇章驟增的原因，認為其余六十九篇都是孫武的佚文，是孫武及其弟子在十三篇的基礎上不斷增添所致。
東漢末年，曹操等人開始為《孫子兵法》作註。曹操《孫子註》，其自序中稱“略解”，是現存世的《孫子兵法》最早註本，除了首先註釋之功，曹操對《孫子兵法》的貢獻還有兩點，其壹是獨尊《孫子兵法》，認為此書是所有兵書中寫的最好的壹部，進壹步確立了《孫子兵法》的地位。其二是恢復了十三篇原型，把漢以來很龐大的八十五篇《孫子兵法》作了區分，只為十三篇作註，而將十三篇之外的內容另編為《續孫子兵法》二卷。曹操的註釋簡明切要，具有很高的軍事學術價值，問世後即備受人們的稱譽推崇。曹操之後，註家紛起，各呈異態，壹直到宋代，流傳下來的著名註者有十家。註本的大量出現促進了《孫子兵法》的廣泛傳播，在流傳過程中又形成了不同的版本體系。宋代時期《孫子兵法》的主要傳本為《武經七書》與《十家註孫子》兩大系統。到明代，則以《武經七書》本為主流。到了清代，孫星衍從《道藏》中抄出《十家註》本，並對其做了壹番認真細致的校訂考辨，使之名聲鵲起，壹舉打破了自宋以來主要以武經本流傳的局面。孫校《孫子十家註》也因此而成為近世流傳最廣、影響最大同時也是最實用的《孫子兵法》讀本。
1972年在山東臨沂銀雀山漢墓出土了簡本《孫子兵法》，系迄今為止發現的《孫子兵法》最早的手抄本。據專家考證，比《史記》的成書至少要早數十年以上。 它使我們註意到：（1）今本與簡本除去個別句子的順序變易和字詞增減外，二者是大體壹致的。（2）宋以前的古書引文雖經節引、改易、增刪而不盡可據，但仍在相當程度上反映了古本原貌，要比今本更接近於簡本。（3）宋以來的各種版本雖間有差異，但與簡本相比，這些差異卻顯得微不足道，其中不少都是因翻刻、重刻而造成新的訛誤。