可以肯定地說，《乙巳占》具有重要的文化史和科學史價值。
首先，它保存了許多現已失傳的古代文獻資料。
我們知道，隨著科學的發展，占星學逐漸被人們所拋棄，相應地占星學著作也大量散佚，這就給後人的研究造成了巨大的不便。而《乙巳占》是雜采前代諸多占星著作編撰而成的，它為我們保留了許多可貴的占星學史料。例如，海上占星術的史料，東漢已經非常罕見，天文學家張衡在撰述《靈憲》時，詳細敘述了中外星官數，然後提到：海人之占未存焉。而在《乙巳占》引用的古籍中，就有《海中占》壹書，這自然是很可寶貴的。再如，漢代盛行的緯書，經過隋朝的嚴厲禁絕，已大都失傳，而《乙巳占》中卻保存了很多漢代五經緯書的內容。《乙巳占》對於石氏、甘氏、巫鹹等的提及，對於後人研究這些戰國時期的天文學家，也是有益的。
需要指出的是，《乙巳占》在保存資料方面，雖不如其後的《開元占經》詳備，但它撰成於《開元占經》之前，有承前啟後之功。而且，《開元占經》在對其前的古籍廣蓄並收的同時，對以往諸家並未加以別擇棄取，這樣做雖然對保存舊有資料作用頗大，但亦不免失於瑣碎。相比之下，李淳風的《乙巳占》還是要略勝壹籌的。《乙巳占》的不足之處在於，它在很多地方未能明確註明占文的由來。李淳風對此解釋說：占文對前人學說並不復具名氏，非敢隱之，並為是幼小所習誦，前後錯亂，恐失本真故耳。雖然他的做法情有可原，但對後人來講，畢竟不便。好在這壹缺陷，在《開元占經》中得到了彌補。對於今人來說，只要把兩部書結合起來閱讀，對唐代以前中國占星學的發展狀況，就可以有壹個大致的把握。
另外，《乙巳占》有助於我們獲得對李淳風的全面了解。李淳風是唐代壹位傑出的天文學家，又是久享盛名的占星家，傳統上人們對他的占星學說的了解，主要是通過新舊《唐書》本傳的記載及其他書籍的間接反映。這樣做獲得的認識容易片面化。例如《舊唐書》本傳說他每占候吉兇，合若符契，當時術者疑其別有役使，不因學習所致，然竟不能測也。李淳風因其占候靈驗而聞名，但他本人在《乙巳占》中並不主張特別追求占星術的靈驗性。他指出，若乃天道幽遠，變化非壹，至理難測，應感詎同？梓慎、裨竈，占或未周，況術斯已下，焉足可說。至若多言屢中，非余所尊。這是說，自然界是復雜的，占測家在對之進行解說時，很難做到準確無誤。占星家所要追求的，不應是多言屢中，而應是權宜時政，斟酌治綱，驗人事之是非，托神道以設教。可見他是把占星學作為壹種輔政措施來推行的。再如他在勸阻唐太宗不要濫殺無辜時說：天之所命，必無禳避之理，但《乙巳占》卷三的《修德》篇卻強調對天變要修德以禳之。這兩種見解，本質上是相互矛盾的。如果不讀《乙巳占》，對李淳風思想的這壹側面，就很難把握。而且，《乙巳占》所言，是符合中國古代占星學基本原理的，占星學強調的就是要通過觀測星相，了解所謂的天心、天意，然後修德以禳之，讓上天收回對自己不利的成命。如果沒有這壹條，占星學賴以生存的土壤也就不存在了。通過《乙巳占》的論述，我們對新舊《唐書》本傳的說法，也有了新的理解。