陳修園自幼壹邊攻讀儒經，壹邊學醫，曾拜泉州名醫蔡茗莊為師學醫。乾隆五十七年（1792）中舉，曾任直隸省威縣知縣等職，在任上曾自選有效方劑救治水災後罹患疫病的百姓。嘉慶二十四年（1819）以病告歸，在長樂嵩山井山草堂講學，培養醫學生，壹時學醫弟子極多。
陳修園的時代，壹般醫生為了應付門診，多半只學習唐、宋以來各個醫家的藥書、方書，想從中找出幾個治病的藥方，而對祖國的醫學經典著作、理論著作和《內經》、《難經》、《神農本草經》以及《傷寒論》、《金匱要略》等到著作並不感興趣。更不願為研究這些著作而下苦功夫。
陳修園感到這股輕視中醫基本理論的風氣是不正常的。為了扭轉這股學氣，嘉慶二十四年（1819年），陳修園告老還鄉，在福建省嵩山井上草堂講學，不但把他數十年來研究這幾部中醫經典的體會傳授給學生，而目，大力呼籲其他醫學家也應對這方面的學習加以重視。聽他講課的人很多，來自全國許多地方。
在醫學理論上陳修園特別推崇張仲景，是維護傷寒派的中堅人物之壹，也是繼張誌聰、張錫駒之後最有影響的尊經崇古派。在傷寒研究的爭論中，他極力反對方有執、喻嘉言的“錯簡”說，認為王叔和重新編註的《傷寒論》已經把張仲景的學說完整地流傳下來，不能隨便改動和取舍。他在研究《傷寒論》、《金匱要略》方面的代表著作有《傷寒論淺註》、《金匱要略淺註》和《傷寒醫訣串解》，前兩書曾三易其稿，史書稱其“多有發明，世稱善本”。他還將《傷寒論》、《金匱要略》兩書中的方劑和治法編成《長沙方歌括》、《傷寒真方歌括》與《金匱方歌括》，易於記憶、習誦，對後學理解《傷寒論》、《金匱要略》很有幫助。雖然有人說陳修園註疏古籍有獨到之處，但他上述著作的廣泛流傳主要是因為他的研究具有深入淺出的特點，為後學者、特別是初學者研究張仲景典籍提供了入門的階梯。
在臨床治療上，陳修園長於用溫補脾腎的方法治療雜病，不喜用寒涼滋陰的藥物。如他自己所說：“寒涼之藥不可久服，人人俱知也，唯滋陰降火及不涼不溫之品，最是誤人。余素不喜寒涼，姑以寒涼方之不可棄者列”。他雖然承認滋腎丸、四生丸、清燥救肺湯等寒涼方劑能培補生氣，是治療“癆門”(肺結核壹類消耗性疾病)不可少之方，但也只能暫用。而對保元方、六君子湯、五味異功散、歸脾湯、附子理中湯等溫熱方劑則大贊其“補虛退熱，進食除疾”、“益精氣，扶元氣”的功效，有“補火以致水之妙”。