《史記·秦始皇本紀》：臣請史官非秦記皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏詩、書、百家語者，悉詣守、尉雜燒之。有敢偶語詩書者棄市。以古非今者族。吏見知不舉者與同罪。令下三十日不燒，黥為城旦。所不去者，醫藥蔔筮種樹之書。若欲有學法令，以吏為師。
在秦始皇三十四年(公元前213年)，博士齊人淳於越反對當時實行的“郡縣制”，要求根據古制，分封子弟。丞相李斯加以駁斥，並主張禁止百姓以古非今，以私學誹謗朝政。秦始皇采納李斯的建議，下令焚燒《秦記》以外的列國史記，對民間醫藥蔔筮種樹之書以及不屬於博士館的私藏《詩》、《書》等也限期交出燒毀；有敢談論《詩》、《書》的處死，以古非今的滅族；禁止私學，想學法令的人要以官吏為師。此即為“焚書”。
始皇三十四年（前213年），在秦始皇於鹹陽宮舉行的宮廷大宴上，又發生了壹場師古 還是師今 的爭論。焚書之舉正是由此引發的。在宴會上，仆射周青臣，面腴秦始皇，吹捧他自上古不及陛下威德.博士淳於越針對周青臣的腴詞提出了恢復分封制的主張。他說： 臣聞殷周之王千余歲，封子弟功臣，自為輔枝。今陛下有海內，而子弟為匹夫，卒有田常、六卿之臣，無輔拂，何以相救哉？事不師古而能長久者，非所聞也。今青臣又面腴，以重陛下之過，非忠臣。秦始皇聽後不動聲色，把淳於越的建議交給群臣討論。丞相李斯明確表示不同意淳於越的觀點。他反駁說：三代之爭，何可法也.儒生 不師今而學古， 道古以害今，如不加以禁止，則 主勢降乎上，黨與成乎下，統壹可能遭到破壞。為了別黑白而定壹尊，樹立君權的絕對權威，他向秦始皇提出焚毀古書的三條建議：
（1）除《秦紀》、醫藥、蔔筮、農家經典、諸子和其他歷史古籍，壹律限期交官府銷毀。令下三十日後不交的，處以鯨刑並罰苦役四年；
（2）談論《詩》、《書》者處死，以古非今者滅族，官吏見知不舉者，與同罪；
（3）有願習法令者， 以吏為師。秦始皇批準了李斯的建議。在宴會散後第二天，就在全國各地點燃了焚書之火。
不到30天時間，中國秦代以前的古典文獻，都化為灰燼。留下來的只有皇家圖書館內的壹套藏書。
所以秦始皇並未把所有書都焚燒了，不然也不會留下壹套藏書了。秦始皇焚書之舉是為了維護自己的統治。防止有人用典籍中的道理來抨擊自己，煽動百姓而已。