截止2013年11月，學校建有1個教育部工程研究中心， 3個教育部重點實驗室，2個上海市重點實驗室，7個中管局重點研究室，2個上海高校工程研究中心，2個上海高校人文社會科學（重點）研究基地，3個上海市高校E-研究院。
省部***建教育部重點實驗室（3個）：中藥標準化、肝腎疾病病證、筋骨理論與治法
教育部工程研究中心（1個）：中藥現代制劑技術
上海市重點實驗室（2個）：復方中藥、中醫臨床
上海高校重點實驗室：中西醫結合防治心腦疾病
國家中醫藥管理局重點研究室（7個）：中醫醫療服務評估、傳統醫藥法律保護、慢性肝病虛損、脊柱退變腎骨相關、中藥新資源與品質評價、針灸免疫效應、中醫傳染病學
上海高校工程研究中心（2個）：中藥創新藥物研發、針灸推拿診療技術
上海高校人文社會科學（重點）研究基地（2個）：中醫藥文化研究與傳播中心、醫學科技史研究中心
上海高校E-研究院（3個）：中醫內科學E-研究院、氧化氮及炎癥醫學E-研究院、中藥藥效物質E-研究院
其他校級科研機構：
中醫基礎理論研究所、中醫文獻研究所、中藥研究所
中醫脊柱病研究所、中醫外科研究所、中醫腫瘤研究所
中醫骨傷科研究所、中醫腎病研究所、中醫肝病研究所
中醫推拿研究所、中醫藥發展研究所、中醫脾胃病研究所
獨立法人機構：
上海市氣功研究所 上海市針灸經絡研究所 市中醫老年醫學研究所
上海中醫藥博物館 館藏資源
根據學校官網2014年6月顯示，上海中醫藥大學圖書館館藏圖書100萬余冊，閱覽座位952座。設有專用古籍書庫2個，面積逾170平方米。其中收藏古籍36663冊件，包括特藏善本1110部6196冊。藏書主要為與中醫藥有關的元、明、清各時代的刻本、抄本，包括同時期內日本、朝鮮的各類版本，及民國時期中醫藥書籍和各中醫院校的教材。藏品中有諸如元代刻本《重修政和經史證類備用本草》，明萬歷二十七年（1599）趙開美校刻本《仲景全書》，明嘉靖汪濟川刻本《重刊巢氏諸病源候總論》，清順治六年(1599)白鹿山房木活字本《李士材先生傷寒括要》，民國時期《章太炎先生手寫古醫方》等珍品。其中《重刊巢氏諸病源候總論》（明嘉靖汪濟川刻本）等10部古籍，被選入2008年、2009年、2010年文化部公布的3批《國家珍貴古籍名錄》。2009年6月被評為“全國古籍重點保護單位”和“上海市古籍重點保護單位”。
學術期刊
《上海中醫藥大學學報》是由上海市教育委員會主管，上海中醫藥大學和上海市中醫藥研究院主辦的學術性科技期刊。創辦於1960年3月，原名《上海中醫學院學報》，其後曾停刊；1987年復刊改名為《上海中醫學院、上海市中醫藥研究院學報》；1999年經國家科技發展部批準為《上海中醫藥大學學報》，獲正式刊號，公開向國內外發行。被入選中國科技論文統計源期刊，榮獲“中國科技核心期刊”、 “中國核心學術期刊（Research Center for Chinese Science Evaluation，RCCSE）”，並被國際著名數據庫——美國《化學文摘》（CA）收錄。設有名家薪傳、百家評述、靈蘭探幽、臨床百科、學苑春秋、實驗中醫、中藥制劑、管理科學、專題綜述等欄目。