1897年，上海創辦，創辦人為夏瑞芳、鮑鹹恩、鮑鹹昌、高鳳池等。
1901年，張元濟投資商務印書館。 代印張元濟與蔡元培創辦的《外交報》。《華英音韻字典集成》發售預約。嚴復譯《原富》（〔英〕亞丹·斯密著）由南洋公學印行（後歸商務印書館出版）。
1903年，設第壹個分館於漢口。十月，正式成立商務印書館有限公司，吸收日資，改進印刷。首次使用著作權印花。編印小學“最新教科書”。創刊《繡像小說》半月刊，主編李伯元。譯印《說部叢書》。 1907年在上海閘北寶山路建成印刷總廠和編譯所新址。印刷所、編譯所閘北寶山路新廈落成。始用珂羅版印刷。停辦小學師範講習班，附屬小學改組為尚公小學，由蔣維喬任校長。郁厚培赴日本學習照相制版技術。蔡元培應聘為商務印書館編譯書籍。出版《漢譯日本法規大全》八十冊，另附《解字》壹冊，署南洋公學譯書院譯。出版《列國政要》三十二冊（清廷派員考察各國政治輯譯的資料）。
1909年將編譯所收藏古籍善本和參考書籍的圖書館定名為涵芬樓，後改名為東方圖書館，對外開放。改進銅鋅版和試制三色銅版，聘美籍技師指導。商務印書館董事局於三月初八舉行第壹次會議，出席董事七人，張菊生為主席。辦商業補習學校，張元濟首任校長。辦藝徒學校。創刊《教育雜誌》。出版孫毓修編譯《童話》壹、二兩集（中國最早出版的“童話”）。出版《漢譯日本法律經濟辭典》（中國最早譯印的百科辭典）。與英國泰晤士報社協議印行所出《萬國通史》（中國出版社對外合作的最初嘗試）。
1914年，董事會收回日本股份。 設分館於香港。創制教育幻燈片。創刊《學生雜誌》，歷任主編朱天民、楊賢江、陳功甫（1947年停刊）。出版康德《人心能力論：論意誌能制病情》，德漢學家衛禮賢和周暹合譯。
1932年，“壹．二八”事變，日本帝國主義進犯淞滬。商務印書館總管理處、總廠及編譯所、東方圖書館、尚公小學被炸焚毀，損失巨大，被迫停業，解雇全部職工。八月壹日復業，實行日出新書壹種。十月，復刊《東方雜誌》由胡愈之主編（第二十九卷第四號至第三十卷第六號）。
1932年，1月28日，日本海軍陸戰隊突然襲擊上海閘北，壹·二八事變爆發，次日上午，日軍飛機轟炸商務，位於寶山路的總管理處、編譯所、四個印刷廠、倉庫、尚公小學等皆中彈起火，全部焚毀。1932年，2月1日，日本浪人又潛入未被殃及的商務印書館所屬的東方圖書館縱火，全部藏書化為灰燼。五層大樓成了空殼，其狀慘不忍睹。
據統計，商務印書館資產損失1630萬元以上，占總資產的80%。最令人痛惜的是東方圖書館的全部藏書46萬冊，包括善本古籍3700多種，***35000多冊；中國最為齊備的各地方誌2600多種，***25000冊，悉數燒毀，當時號稱東亞第壹的圖書館壹夜之間突然消失，價值連城的善本孤本圖書從此絕跡人寰，這不能不說是中國文化史上的壹大劫難。有學者認為：火燒圓明園和商務印書館被炸，是中國近代史上的最令人痛心的文明悲劇。
日軍之所以要炸毀商務印書館，時日軍海軍陸戰隊司令鹽澤幸壹講的很明白：“燒毀閘北幾條街，壹年半年就可恢復。只有把商務印書館這個中國最重要的文化機關焚毀了，它則永遠不能恢復。”1933年，商務曾收到過壹封日本浪人的恐嚇信，信中說：“爾中國敗孔道，立學堂，讀些國語三民主義與立***和，打倒帝國主義，惡劣之道行天下，……爾館獨銷學校之書，印些腐敗之物。上海毀爾書館，爾書館還是惡習不改，仍印三民之書、黨部之語。中國不忍傍觀，所以毀爾書館，今若不速改惡習，我軍到處，是商務印書館盡燒毀。”這段話更是說出了日軍轟炸商務印書館的原委。
1934年，東方圖書館復興委員會接受德國駐滬總領事代表德國各著名學術團體捐贈圖書三千余冊。商務印書館印刷廠香港分廠新廈建成於北角。輯印《四部叢刊續編》，收書八十壹種，壹四三八卷。輯印《四庫全書珍本初集》。編印《萬有文庫》第二集。 編印《幼童文庫》。出版黎錦熙《國語運動史綱》。出版吳半農譯《資本論》（[德]馬克思著）第壹卷第壹分冊。影印《嘉慶重修壹統誌》。影印《六省通誌》（湖南、浙江、廣東、畿輔、湖北、山東）。
1941年總管理處遷重慶。滬、港貨棧和印刷廠均被日軍劫持，《東方雜誌》等被迫停刊。1944年，東方圖書館重慶分館開館。1946年，總管理處由重慶遷回上海。1948設臺灣分館。1950商務印書館與三聯書店、中華書局、開明書店、聯營書店聯合組織中國圖書發行公司，為新華書店以外的中國第二個發行系統。1951設總管理處駐京辦事處。編審部遷京。1954總管理處遷京，實行公私合營。商務印書館與高等教育出版社合並。1957由高等教育出版社分出，恢復商務印書館獨立建制。時代出版社（包括並入該社的五十年代出版社）建制撤銷，並入商務印書館。設香港辦事處。在港舉辦創業六十周年紀念會。出版《新華字典》（新壹版）。 1958年，中國出版社業務分工，商務承擔了翻譯出版國外哲學社會科學和編纂出版中外語文辭書等出版任務，逐漸形成了以“漢譯世界學術名著”“世界名人傳記”為代表的翻譯作品，和《辭源》《新華字典》《現代漢語詞典》《英華大詞典》等為代表的中外文語文辭書為主要支柱的出版格局。