在明清時期，是我國封建社會發展的高峰時期，科技方面不乏集大成者，而中獸醫學領域在繼承和總結前代成果的同時，在某些方面也取得了十分豐碩成果。這些獸醫學成果是祖國獸醫學寶庫中壹個重要組成部分。
在這壹時期，編著刊行了許多中獸醫學的著作，形成了我國古代中獸醫學術體系。在中獸醫方劑學、傳統獸醫針灸學、家畜傳染病和寄生蟲病的防治、獸醫外科等方面頗有建樹。
明朝廷對獸醫學的發展給予較大的重視。《永樂大典》有匯編成的《獸醫大全》，成化年間兵部編纂了《類方馬經》6卷，後來太仆寺卿楊時喬主編了《馬書》14卷和《牛書》12卷。
明朝廷由於政治軍事上的需要，大力開展在長江下遊六府二州養馬，並幾次規定要培訓基層獸醫，名獸醫喻本元、喻本享等就是在此條件下出現的。
喻本元、喻本亨兄弟二人合著的《元亨療馬集》、《元亨療牛集》，於1608年刊刻問世，由兵部尚書丁賓作序。書中的理論體系和臨床實踐緊密結合，以指導臨床實踐，成為自明以後馬疾治療學的經典著作，影響深遠。
朝鮮人趙浚等根據元代中獸醫書編成《新編集成馬醫方》和《新編集成牛醫方》，成書於1399年，現存版本為1633年版。此書罕見，可謂壹套珍貴資料。
此兩部醫方是趙浚等集體用漢文編寫的。著書中引證了不少我國的古獸醫經典著作，約7萬字，全書***為64小節，附圖47幅。內容包括馬醫方及牛醫方兩大部分，內容豐富。
比如馬醫方內容，有良馬相圖、良馬旋毛之圖、相馬捷法、相齒法、養馬法等畜牧方面的內容，還有放血法、點痛論、姜牙論、十八大病、五勞論等獸醫方面的內容。
清代初期，由於農耕需要牛，牛病學得到較大發展。1667年重刻《元亨療馬集》時，將《水黃牛經合並大全集》和《駝經》並入成為壹書，就是適應當時的時勢要求。
後來重編時加上《安驥集》等古書的部分內容，刪去《碎金四十七論》中的21論，編成馬經大全6卷，牛經大全2卷，駝經1卷，命名為《馬牛駝經全集》，近代流行的多是這部書。因由許鏘作序，內容主要來自《元亨療馬集》，簡稱“許序本”。
1758年，清代醫藥學家趙學敏編著的《串雅》，分《串雅內編》和《串雅外編》。是我國歷史上第壹部有關民間走方醫的專著，揭開了走方醫的千古之秘。其中的《串雅外編》還特列出醫禽門、醫獸門和鱗介門。
清乾隆時期獸醫學家郭懷西，於1785年著《新刻註釋馬牛駝經大全集》。這本書對《牛經大全》進行全面的修改和補充，雖名“註釋”實際上是新作。此書繼承並發展了《元亨療馬集》的內容，在我國畜牧獸醫史上占有重要地位。
《新刻註釋馬牛駝經大全集》是對《元亨療馬集附牛駝經》的註釋本，簡稱《大全集》。縱觀兩書全貌，可以看出，《大全集》是作者結合50余年醫療實踐，對《元亨集》進行大量刪改、補充。綜合了以前丁序、許序等版本的內容，又增列、貫註了《黃帝內經》、《通元論》、《淵源塞要》、《療驥全書》、《安驥全集》等內容，從而在深度和廣度上發展了《元亨集》，反映了清代獸醫學發展概貌。
清乾隆朝太仆寺正卿李南暉編寫的《活獸慈舟》以黃牛、水牛病為核心，且選編了馬病篇、豬病篇、羊病篇、狗病篇、貓病篇。
清代嘉慶初年，著名中獸醫傅述風於1800年編著的《養耕集》問世，對牛體針灸術有進壹步的補充和發展。全書著重記載了作者數十載的實際診療經驗，並繼承和發揚了中獸醫的傳統思想和方法，不論在理論上或在臨床經驗上均有獨到見解，對當時及後世獸醫學發展都產生了較大影響。
《養耕集》分上下兩集，上集講針法，下集備錄方藥。針不能到者，以藥到除病；藥不能及者，以針治病；針藥兼施，相得益彰。
《養耕集》上集中對牛體針灸穴位圖作了修正和補充，並分述40多個穴位的正確位置、入針深淺和手法，以及各穴主治的病癥。
還分別論述了吊黃法、破牛黃法、火針法、燙針法、透火針法、皮風發表針法、出血針法、咳嗽針法、失中腕針法、治拓腮黃針法等20余種對應的特殊針灸方法。
在此書問世前，我國僅有壹幅“牛體穴位名圖”，缺乏文字敘述，本書填補了這個空白，使牛體針灸學形成壹完整體系。
《養耕集》下集列病癥98種和各癥的方藥治法。方中常選用幾味當地的草藥，並根據鄱陽湖地區氣候變化開列四季藥物統治的處方。
在《養耕集》之後，《牛醫金鑒》、《抱犢集》、《牛經備要醫方》、《大武經》、《牛馬捷經歌》等方書相繼出現。隨著當時養豬業發展的需要，《豬經大全》也編成刊行。
至此，我國中獸醫的醫療對象已擴展到各種家畜和家禽。中獸醫學的特有理法方藥體系和辨證施治原則且得到進壹步的深化和發展，並形成了我國古代完整的中獸醫學術體系。