秦伯未幾十年來致力於《內經》的研究。他早年有壹部《內經》訓詁著作——《讀內經集》，後被寫進《內經病機十九條》。秦還撰寫了《內經》(1929)，對和《靈樞》中描述疾病和證候的經典進行了提煉，對《內經》記載的44種疾病和311種疾病進行了整理，並對提煉出的文獻進行了歸類整理。最後在1934完成秦內經。
近代以來，他不僅在《內經》文學研究方面取得了卓越的成就，而且具有時代氣息。不僅作品數量多，而且研究的深度和廣度都是前代所不及的，研究方法和風格也與他的前輩們大相徑庭。前期在幹嘉徐雨的影響下，對《內經》進行了大量的訓詁，史無前例；後期受西學影響，在《內經》文獻編纂中形成了奇特的框架。諸多學術因素為《內經》研究的方法論增添了新的活力，使現代《內經》研究頗具特色。