上學前是1955創辦的山東省中醫學院研究班和1956創辦的山東省中醫進修學校。1958經山東省人民委員會批準成立山東中醫學院。1996，經國家教委批準更名為山東中醫藥大學。？
截至2020年7月，學校現有三個校區，總占地面積2000余畝，建築面積53.9萬平方米。圖書館擁有紙質圖書203.9萬冊，電子圖書79.7萬冊，珍本圖書近3萬冊。現有教學機構17個，科研機構5個，輔助教學機構4個，其中直屬醫院3個，非直屬醫院20個，教學醫院22個。
截至2020年3月，學校擁有教職工3500余人，其中博士生導師176人，碩士生導師828人。3人獲“國醫大師”榮譽稱號，3人獲“全國名老中醫”，2人獲“黃綺學者”，1人獲“973”工程首席科學家，8人獲全國優秀教師，2人獲中醫藥院校名師。
山東省名師10人，山東省優秀教師7人，山東省“泰山學者”特聘專家10人，山東省“泰山學者”攀登計劃專家1人，省部級有突出貢獻中青年專家27人，享受國務院特殊津貼專家52人。