壹般認為,嘉靖年間,故宮發生火災,火勢蔓延到文遠館,永樂大典也被燒毀。當時史書中也有記載,方是明代崇禎年間的進士,擔任國子監的編修。但他的祖父和父親都是嘉靖年間的進士,所以對這些事情比較清楚。方繼之在《通雅》中說,永樂大典藏於文遠閣,嘉靖年間,火勢蔓延至三大殿,永樂大典被燒毀。
這是比較公認的說法,歷史表明萬歷確實發生過火災。但有疑問的是,大火燒了原作,那麽復制品從何而來,南京的手稿也被燒了。還有壹種說法是嘉靖萬歷年間的“永樂大典”大火是從大火中救出來的。嘉靖很愛這本書,所以經歷了那場大火,更是憂心忡忡。復印壹份。復印後,把原件放在文遠館,自己拿復印件。奇怪的是,原件不見了。兩百多年後,復制品才被發現。那麽原作去哪了?有人說嘉靖太愛了,和自己葬在壹起。
《永樂大典》現存,遠不及原作的四分之壹。而且很多都在國外或者私人手裏。收集永樂大典非常困難。八國聯軍當時也搶走了很多卷,有壹部分是當時銷毀的。