李贄自稱是孔孟傳統儒學的“異端”，對男尊女卑、重農抑商、偽善、社會腐敗、貪官汙吏等封建社會進行了痛斥和批判，主張“革故鼎新”，反對思想禁錮。
李贄抨擊被封建統治者奉為金科玉律的儒家經典和孔孟之學，對六經、論語、孟子等儒家經典表示極大的鄙視。他認為這些都不是聖人之言，而是後人的贊美和吹捧形成的，不能視為永恒的真理。這些作品都是當時無知的弟子和迂腐的弟子記錄下來的，大部分都不是聖人之言。即使是聖人之言，也只是暫時的藥石，不可能是“萬有之言”。
在《焚書》、《贊美劉勰》、《聖教略》、《芝罘園孔子像銘》等文章中，他以戲謔諷刺的筆調貶低孔子，這是在尊孔為至聖之師的時代的大膽之舉。他認為孔子不是聖人，孔子什麽都不是，大家都是聖人，沒必要學孔子。這就把孔子從聖人的至高地位上拉了下來。如果壹定要把孔子當成偶像，在言行上模仿孔子，那將是壹種醜陋的姿態。
李贄否定儒家的正統地位，否認孔孟之學是“古今道學”的“永恒之論”，認為不能作為教條隨便套用。六經、論語、孟子是道家的彈藥，是假人的搖籃。李贄對孔子和孔孟之道的批判，確實到了“非聖人”的地步。