中央機關的內閣除了保存內閣日常的公務檔案外，還有壹個很大的圖書館，裏面有官方的記錄、布道、玉書和儀式、書籍修訂收集的檔案、從盛京(今沈陽)遷來的舊檔案等，極其豐富。內閣還有壹個抄本庫，建於嘉慶年間，專門收藏內閣的爵位抄本。清代設立軍部，檔案眾多且保密，故專門設立小心保管，稱為總圖館庫，掌管軍機張靜。清朝的國史館也有壹個檔案室，叫國史館大檔案室，主要保存為修史而收藏的檔案。上述檔案集中了清代最重要、數量最多的檔案。
清代在整頓吏治、裁掉簿記員、保護檔案、加強管理的過程中，建立了各種檔案管理制度。例如筆歸還系統、副本儲存系統、文件修訂系統、文件清理系統以及文件分類、轉移、盤存和保密系統。