晉江市的地貌成因屬於復式地塹地壘結構。在北東向主斷層通過的地段，地貌以侵蝕剝蝕階地和斷塊丘陵為特征。東側濱海斷裂，東部斷塊隆起，地貌呈條狀低丘；西部斷塊下降，地勢比較低平，也成條狀分布。NE向地貌帶被活動性較大的NW向斷層切割，在拉張應力下形成斷陷區，成為堆積地貌發育的空間，因此較大的堆積地貌也是NW向的。地塹多形成平原和高原，地壘形成丘陵或殘丘。
地勢從西北向東南傾斜。紫茅山，位於城市西北邊緣的晉鯉、晉鯉交界處，是晉江市地勢最高的地區，海拔517.8米。因此，地形向泉州灣、臺灣省海峽和圍頭坳方向下降，並有從西北向東南沿海傾斜的趨勢。地貌類型以臺地、平原、丘陵為主，臺地占全市面積的67.3%。海岸曲折，有許多港灣和島礁。海岸線長110公裏，靠近大陸的島礁多，灘面積大，淺海廣闊。晉江市三面環海，海岸受斷裂構造控制。海岸線走向主要為東北-西南和西北-東南兩組。前者開闊，受風、浪和沿岸流的強烈影響，海岸多巖石和沙質，潮間帶狹窄，多巖石海灘；後者海灣深入大陸，堆積明顯，海岸泥濘，灘面廣闊。除晉江和九九溪外，晉江市其他河流均發源於縣內丘陵和梯田，源頭較短，分別向東、南獨立入海。河道淺窄，河網密度高。流量和水位季節變化明顯。春夏兩季溪流水量大，水位上升，為豐水期，特別是7-9月受臺風影響，流量暴漲，水位暴漲，旱季大部分斷流。
晉江市的湖泊中，龍湖和岐狐湖是中國最大的兩個淡水湖，也是福建省著名的淡水湖。
晉江市地下水資源貧乏，水質良好。