16世紀以前，西方文獻中很少記載中國，但羅馬教廷的勢力被歐洲宗教改革削弱，耶穌會士不得不向歐洲以外擴張。此外，新航路的開辟也為傳教士進入中國提供了極大的便利。
傳教士為了達到傳教的目的，要給官員寫書，要學習明朝的官話，還要口頭向普通百姓宣講宗教。然而，在這樣壹個文化和制度與歐洲大相徑庭的國家，第壹步就是學習語言，其中掌握漢字復雜的發音是他們最大的挑戰和障礙。所以傳教士要學習西方音韻學的知識。開始用拉丁字母系統地給漢字標音。利瑪竇的四篇用拉丁字母為漢字註音的文章，後來被編成《漢字奇跡》壹書，被視為漢字拼音化進程的開端。羅昌培先生對此也有研究。他指出利瑪竇當時使用了26個聲母和44個韻母。通過研究《漢字奇跡》中的語料，我們可以比較出與現代漢語的許多不同之處。
明代普通話有五個聲調符號。
在《漢字奇跡》中，我們可以清楚地分辨出利瑪竇把音標分為五類，分別是平仄、上聲、上聲、去聲、入聲，而現代漢語有四種聲調，如“徒”。是入聲的意思，但在現代漢語裏是升調的意思。
尖團不合並，這點很清楚。
當時聲母相反，普通話中的J、Q、X分為兩組，壹組是Z、C、S，壹組是G、K、h .
窒息和吸氣沒有區別。
格、克、賀的元音是o[o]，近代是e，比如利瑪竇把“賀”讀成了“H？”，而現代是“hé”。
塞擦音中，不送氣音zh寫成送氣音ch，明代官話聲母出現在i\u\a之前，現代漢語中為零。
現代普通話零聲母讀，明代普通話聲母保持濁音ng。
，nh。例如:
明代官話裏還有iai韻，利瑪竇標註的拼音裏有iai[iai]韻，現代漢語裏有ie[iε]韻，比如“Ya”在明代官話裏是“iai”，現代漢語裏是“yá”。
明官話有閉韻。
利瑪竇標註的拼音中，有以雙唇音m結尾的元音，如“T &；agrem”，而普通話的拼音是“t m ng”。九、聲母sh記為X，出現在A、I、U、e之前，如利瑪竇對“山”的註音是“xān”，而現代則是“shān”
明代官話把W記為唇齒的濁擦音V。例如，“吳”讀作“V？”現代普通話的拼音是“wú”。
“I”、“J”和“Y”是通用的
在利瑪竇的拼寫中，“氣”有三種寫法，即“chi”、“chij”和“chiy”，因為i\j\y在當時的意大利語中是通用的。
在進入中國之初，利瑪竇和羅明鑒編著了《葡漢詞典》，其中葡語詞和漢語詞並列對照，用羅馬字母註音。楊福綿先生稱贊這是漢語拼音方案的鼻祖。後來利瑪竇在這個基礎上發現漢字的聲調符號不壹樣了，字的意思也變了。於是，他修改了以前的方案，給文章做了註音，編了《西文奇跡》。他的漢字排列是對利瑪竇前任方案的進壹步改進。雖然通過對比可以發現明代和現代漢語發音的差異，但不能確定有些差異是否是利瑪竇等傳教士在習得漢語過程中的失誤造成的。因此，從教學分析和第二語言習得的角度，可以從明代傳教士習得漢語過程中出現的偏誤的角度來研究他們的學習情況。
利瑪竇等人借用西方音韻學的知識，使當時的傳教士更容易學習漢語。但這壹創造對中國產生了深遠的影響，可以說是漢語拼音方案應用的壹個先例，也為後人研究明末漢語語音提供了寶貴的研究資料。同時，也有利於西方先進的科學知識進入中國，為中西交流搭建了橋梁，確立了中西文化交流的範式。