啟蒙運動的理性和進步理念,包括馬爾薩斯的生存環境理念,是達爾文自然選擇理論的思想基礎.達爾文用科學方法證實了進化中的自然選擇機制.孟德爾用試驗方法弄清了遺傳和變異機制,這兩塊知識的結合,就構成了我們今天解釋生物進化機制的綜合進化理論.
達爾文1859年在《物種起源》壹書中提出以下原理：第壹,所有物種生育子代的能力都大於食物增長速度,即生育能力大於養育能力；第二,所有物種的個體都有變異,同壹物種中沒有完全相同的個體,即同體個體獨特；第三,由於要生存的個體多於能生存的個體,所以會有生存競爭；第四,競爭中,有適應性變異特質個體得到更多的生存機會,即最適者生存；第五,適者有更多機會通過生殖把特質傳給子代,即受到自然選擇；第六,在漫長的地質年代中,成功的變異時代積累,導致新物種產生並實現進化.
這壹理論簡潔有力,但它不能解釋變異的由來,因而采用了接近拉馬克獲得性遺傳的說法.獲得性遺傳見於拉馬克的《動物哲學》.它認為生物具有增加結構復雜性的傾向.經常適用或不使用身體的某壹部分會引起該部分的發達或退化.這些獲得的性狀可以積累和遺傳.這就是用進廢退,需求產生器官的理論.
孟德爾發現生物的變異來自遺傳,他的這項成就被稱為構成現代遺傳學的基石.1937年,杜布贊斯基在《遺傳學與生物起源》壹書中把它與進化論與遺傳學整合成壹體.赫胥黎稱之為綜合進化論.綜合進化論認為進化是包括兩個階段的過程：
1、變異：不同個體得到不同的遺傳材料,形成不同的表現型；
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2、選擇：不同個體在繁育方面表現出的差別.
綜合進化論總結編譯的根源和形式如下：
重組：包括性細胞生成時的遺產物質重組及兩性基因在形成受精卵時的重組.這是物種不增加新基因而實現變異的形式.
突變：突變是遺傳密碼在復制和傳遞時發生的意外錯誤.它能增加種群基因庫中的遺傳物質.突變的外因是環境條件對遺傳信息的儲存和復制機制的幹擾.內因則是DNA本身的復制錯誤.
基因流動：指遺傳物質加入或離開某壹種去基因庫的後果.學術界以前稱此為遷徙,因為基因總要由遷徙的個體攜帶.基因流動的結果是使壹個族群中的壹些遺傳物質增加或流失.
基因漂變：指前述原因之外的偶然小變動導致的種群基因庫內容變化.漂變的種群規模壹般較小,因而能使偶然的小變動影響整個種群.
上述遺傳變異為自然選擇提供原料.變異發生在代際之間.選擇的單位是個體.進化的單位是種群.變異沒有方向性,選擇和進化也僅有相對於環境的暫時方向性.由於環境變化方向不定,所以進化的方向也不固定.
學術界目前承認進化有兩個層次：壹是種群層次上的微觀進化,主要指種群基因庫的等位基因頻率在短時期內的變化.二是更高層次（物種）在較長時段中的宏觀進化.對於後者,學術界又有兩種理壹是漸進累積,二是間斷平衡.漸進累積論將生物進化和新種發現視為漸進積累過程.間斷平衡論則將這壹過程理解為長期穩定與短期驟變的交替.我們認為簡短平衡論能更好地解釋古人類化石和人類遺傳學資料上的歷時間斷和卻換現象,同時也與突變和選擇的原理兼容.
機制：《現代漢語詞典》是這麽解釋的：泛指壹個系統中,各元素之間的相互作用的過程和功能.多用於自然科學,mechanism 指機械和機能的互相作用、過程、功能等等.社會科學也常使用,可以理解為機構和制度.
機制有多重含義,例如用機器制造的；機器的構造和工作原理；有機體的構造、功能和相互關系；泛指壹個復雜的工作系統和某些自然現象的物理、化學規律等等.與我們常說的機制相近的含義是指做事情的方式、方法.但又不等同於這個意思.簡單地說,機制就是制度加方法或者制度化了的方法.
首先,機制是經過實踐檢驗證明有效的、較為固定的方法,黨建的工作機制,不因黨組織負責人的變動而隨意變動,而單純的工作方式、方法是可以根據個人主觀隨意改變的.其次,機制本身含有制度的因素,並且要求所有相關人員遵守,而單純的工作方式、方法往往體現為個人做事的壹種偏好或經驗.例如監督機制,不僅指人人必須遵守的制度,而且應該包括各種監督的手段和方法.只有二者結合起來才能發揮作用.第三,機制是在各種有效方式、方法的基礎上總結和提煉的,而方式、方法往往只是做事的壹種形式和思路.機制壹定是經過實踐檢驗有效的方式方法,並進行壹定的加工,使之系統化、理論化,這樣才能有效地指導實踐.而單純的工作方式和方法則因人而異,並不要求上升到理論高度.第四,機制壹般是依靠多種方式、方法來起作用的,而方式、方法可以是單壹起作用的.例如,建立起各種工作機制的同時,還應有相應的激勵機制、動力機制和監督機制來保證工作的落實、推動、糾錯、評價等.建立完善的機制,才能使黨的建設穩步發展,保持長久的活力