1.網上博物館建設缺乏必要的政策和資金支持。
2.網上博物館的認知水平不平衡。有很多人看不到網上博物館建設可以提高管理水平，促進博物館發展，而忽略了基本的數字收藏，只關心新鮮的虛擬展示。觀念已經成為制約網上博物館發展的“瓶頸”。
3.網上博物館相關標準和規範(信息資源、設備、技術、知識產權保護等)的研究和制定。)嚴重滯後，已建立的網上博物館系統互不兼容，為未來的資源共享和整合傳播帶來隱患。
4.目前網上博物館需要使用的技術(尤其是虛擬現實等展示技術)過於昂貴，與博物館的強烈需求形成巨大反差。很多博物館只能“望洋興嘆”，不願意這樣做。
5.網上博物館建設和發展急需的復合型人才極度短缺。系統的制度引導、人才引進和培養都是口頭上的，沒有真正取得進展。