有孔蟲界（Rhizaria）為原生生物的壹條主線。它們的形態差別很大，但主要部分均為變形蟲狀（amoeboid）並有絲狀、網狀或小管型支撐的假足。它們部分會制造可能有復雜結構的外殼或骨架，而這些外殼或骨架成為絕大部分的原生動物化石。它們差不多全部都擁有管狀脊的線粒體。有孔蟲界分為三類：
絲足蟲類 - 各種各樣的阿米巴及鞭毛蟲（flagellates），通常擁有絲狀的假足，在土壤十分常見。
有孔蟲門 - 變形蟲狀、擁有網狀假足，通常為海洋的底棲生物（benthos）。
放射蟲門 - 變形蟲狀、擁有軸足（axopods），通常為海洋的浮遊生物（plankton）
其他類別有可能被歸入絲足蟲類，但部分分支則較為接近有孔蟲門。她們為Phytomyxea及Ascetosporea，分別為植物及動物的寄生生物，與及特別的阿米巴Gromia。有孔蟲界的不同組別主要因為基因上的相似性而被認為是近親。她們亦被認為是絲足蟲類的伸延。有孔蟲界的名稱Rhizaria由Cavalier-Smith在2002年提出，他亦提出了Apusozoa及centrohelid的名稱。