明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿襲漢唐舊制。後來隨著明太祖統治力量的逐步加強，才定出自己的壹套新制度。據《明太祖實錄》卷239載，洪武二十八年（公元1395年）六月，太祖禦奉天殿，敕諭文武群臣說：“自古三公論道，六卿分職。自秦始置丞相，不旋踵而亡。漢、唐、宋因之，雖有賢相，然其間所用者多有小人專權亂政。我朝罷相，設五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門，分理天下事務，彼此頡頏，不敢相壓，事皆朝廷總之，所以穩當。以後嗣君並不許立丞相，臣下敢有奏請設立者，文武群臣即時劾奏，處以重刑。”這套制度既不是復古也不完全是創新。然而，經過時間的演變，明中期的制度，與初期卻大有差別。 明代中樞政務機構初期有三公（太師、太傅、太保）、三孤（少師、少傅、少保）。元代僅置三公，未有三孤。惠帝、成祖時，曾壹度廢公、孤官，至仁宗時復置。《明會要·職官壹》引《弇山集》說：
建文、永樂間，罷公、孤官，仁宗即位，授張輔太師、沐晟太傅、陳懋太保；蹇義進少師、楊士奇進少傅、夏原吉進少保。於是公、孤立官備。
公、孤為皇帝之輔佐官，職位崇高。蹇義、夏原吉、楊士奇、楊榮四人在宣宗時猶受恩寵。《昭代典則》載明宣宗賜璽書說：
古者，師保之職，論道經邦，不煩以政。少師義、少傅士奇、少保原吉、太子少傅榮，皆祖宗遺老，畀輔朕躬。今黃發危齒，尚令典煩劇，兼有司之事，非所以優之也。其輟所務，朝夕在朕左右，討論治理，***寧邦家。其勛階爵祿並如故。
自蹇義等以後，公、孤立官無專授，實際上是壹種虛銜。中期以後，成為勛戚及文武大臣之加官、贈官。而文臣無生加三公之例，惟死後贈之。萬歷年間，張居正為太師，實掌朝政，這是特例。 明代初年，在中央設立中書省，有左右丞相總理吏、戶、禮、兵、刑、工六部事務。隨後，朱元璋又對中央統治機構進行了改革。當時中書省大權掌握在左丞相胡惟庸等人手中。他們作威作福，獨斷專橫，“生殺黜陟”，不向皇帝奏明就直接執行。《明史·太祖紀》載，洪武十壹年（公元1378年），朱元璋曾“命奏事毋關白（告知）中書省”。這顯然是裁抑中書省權力的壹個措施。但胡惟庸等人卻不知收斂，反而變本加厲，組織黨羽，在外招集軍馬，並派人勾結倭寇，又向蒙古貴族殘余勢力稱臣，請兵為外應，陰謀武裝政變。洪武十三年（公元1380年），朱元璋殺掉了胡惟庸等人，並廢除中書省及丞相制，分中書省及丞相權力歸屬六部，相對提高六部職權和地位，由六部尚書直接對皇帝負責，《明太祖實錄》卷129載：
洪武十三年春正月已亥，胡惟庸等既誅，上諭文武百官曰：“朕自臨禦以來，十有三年矣，中間圖任大臣，期於輔弼，以臻至治。故立中書省以總天下之文治，都督府以統天下之兵政，禦史臺以振朝廷之紀綱。豈意奸臣竊持國柄，枉法誣賢，操不軌之心，肆奸期之蔽，嘉言結於眾舌，朋比逞於群邪，蠹害政治，謀危社稷……賴神發其奸，皆就殄滅。朕欲革去中書省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事。洪武十三年九月，朱元璋置“四輔官”，以協贊政事，均調四時。《通紀》載：九月丙午，置四輔官，以耆儒王本、杜佑、襲敩為春官，杜敩、趙民望、吳源為夏官，秋、冬官缺，以本等攝之，位列都督之次。敕以協贊政事，均調四時。月分三旬，人各司之。以雨旸時若，驗其稱職與否。
不久廢去四輔官，並於洪武十五年（公元1382年）仿宋代制度，設內閣於殿廷，以大學士擔任顧問兼秘書的職務。《昭代典則》說：
（洪武）十五年十壹月丙午，初置大學士，以禮部尚書劉仲質為華蓋殿大學士，檢討吳伯宗為武英殿大學士，翰林學士宋訥為文淵閣大學士，典籍吳沈為東閣大學士，使侍左右備顧問。又置文華殿大學士，召耆儒鮑恂、余詮、張長年等為之，以輔導太子。
本來，內閣既非官署官，也非職官名。開始只是簡任文臣入直文淵閣，參與機務。這些人原官的品秩低，不兼部務，也無官屬，不能直接指揮行政，與東漢的尚書、唐代的翰林學士性質略同。久而久之，這些人逐漸升遷，並有了正式的辦事處所，大學士本身品秩只有五品，但其所遷任的官往往以至尚書、侍郎，或有加銜至於“三公”者。這樣，內閣的地位才逐漸提高。明成祖以後，大學士開始參預機務。《詞林典故》說：
永樂初，命編修等官，於文淵閣參預機務，謂之內閣，漸升大學士諸職。仁宗或加師、保及尚書、侍郎、卿，仍兼學士、大學士銜。自後因之，稱內閣大學士。凡大學士加三師，則為壹品；加尚書，二品；侍郎，三品；若未加升而只系大學士者，則仍正五品。
仁宗以後，閣臣之權加重，至世宗嘉靖年間（公元1522-1566年），改華蓋殿為中極殿，謹身殿為建極殿，大學士的班次列在六部尚書之上。這時，內閣就類似於唐代的中書門下省了。唐代中書門下省官員互稱閣老，明代大學士壹般也稱閣老。內閣大學士雖然表面位尊而權重，但是獨立發揮其權力的機會卻甚少，因其內受制於宦官，外則用人之權集中於吏、兵兩部。《明史·職官誌》說：
至世宗中葉，夏言、嚴嵩叠用事，遂赫然為真宰相，壓制六卿矣。然內閣之擬票，不得不取決於內監之批紅，而相權轉歸之寺人。於是朝廷之紀綱，賢士大夫之進退，悉顛倒於其手。 才由此可見，若以明代的內閣大學士具有宰相的權力，那是不恰當的。 明代中樞六部初置於洪武元年，各部設尚書、侍郎、郎中，員外郎、主事等官，隸中書省統轄，分理國家諸事，其職至重。《昭代典則》說：
洪武元年（公元1368年）八月丁醜，始置吏、戶、禮、兵、刑、工六部，設尚書、侍郎、郎中、員外郎、主事，仍隸中書省。帝（太祖）召六部尚書入見奉天殿，諭曰：“朕肇基江左，軍務方殷，官制未備。今以卿等分任六部。國家之事，總之者中書，分理者六部，至為要職。凡諸政務，宜悉心經理,或有乖違，患及天下，不可不慎。
洪武五年（公元1372年）定六部具體職掌，並於歲終進行考績，分其優劣，以行黜陟。六部官員相對穩定，不得輕易調動，凡有勞績者，則在本部升用。自洪武十三年（公元1380年）罷中書省後，即升六部品秩：尚書為正二品（建文中曾壹度提為正壹品，永樂時復舊），侍郎正三品，郎中正五品，員外郎從五品，主事正六品。
六部尚書、侍郎都是堂官，由皇帝直接領導，其中吏部尤為重要，因為官吏的除授都必須經過吏部。明朝的首任吏部尚書為滕毅，樊魯璞、汪河分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），吏部分三個屬部，即總部，司勛部，考功部；十三年（公元1380年），增司封。二十二年（公元1389年）改總部為選部。二十九年（公元1396年），改定文選、驗封、稽勛、考功四個清吏司。每司設郎中、員外郎、主事各壹人。
首任戶部尚書為楊思義。劉誠、杭琪分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），戶部分設五科，即壹科、二科、三科、四科、總科。每科設郎中、員外郎各2人，主事5人。十三年（公元1380年），分四個屬部，即總部、度支部、金部、倉部。洪武二十二年（公元1389年），改總部為民部，次年，又分四部為河南、北平、山東、山西、陜西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建十二部，每部仍分民、度、金、倉四科。二十九年（公元1396年），改十二部為十二清吏司，各設郎中1人，員外郎1人，主事2人。永樂元年（公元1403年），改北平司為北京司。永樂十八年（公元1420年）。廢北京司，設雲南、貴州、交阯三個清吏司，宣德十年（公元1435年），罷交阯司，定為十三司。戶部十三司，自明孝宗弘治以來，以公署不大，只留郎中1人治事。員外郎、主事只能在授官之日出席而已，實際都只掛名。郎中壹人無法管事，只好委任基層吏胥，以致弊端百出。至神宗萬歷時，王國光任戶部尚書，始令每司吏員盡入署治事，司中職業才得修舉。戶部另有壹些直轄機構，如寶鈔提舉司、印鈔局、廣盈庫、軍儲倉等。
禮部首任尚書為錢用壬、侍郎為世家寶。洪武六年（公元1373年）分四屬部，即總部、祠部、膳部、主客部。洪武十三年（公元1380年），定每屬部設郎中、員外郎、主事各1人。二十二年（公元1389年），改總部為儀部。二十九年（公元1396年），改為儀制、祠祭、精膳、主客四個清吏司，另轄鑄印局，局設大使1人，副使2人。
兵部的首任尚書為陳亮，侍郎為朱珍。洪武六年，分三個屬部，即總部、駕部、職方部。洪武十三年再增庫部，二十二年改總部為司馬部。二十九年改為武選、職方、車駕、武庫四司。每司設郎中、員外郎各1人，主事2人。另轄會同館，大通關等機構，各設大使和副使。
刑部的首任尚書為周楨，侍郎為盛元輔，張仁。明太祖即位初期，用法太嚴，周楨任尚書時，始定律令，使吏士有法循守。洪武六年（公元1373年），刑部分為四個屬部，即總部、比部、都官部、司門部。八年（公元1375年），增設四科，分屬於四部。部設郎中、員外郎各1人。總部、比部主事各4人，都官，司門主事各2人。洪武二十二年（公元1389年），改總部為憲部，二十三年，分四部為河南、北平、山東、山西、陜西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川，福建十二部。二十九年（公元1396年）改為十二清吏司，設郎中、員外郎各1人，主事2人，永樂十八年（公元1420年）除北平司，增置雲南、貴州、交阯三司。宣德十年（公元1435年）革交阯司，遂定為十三個清吏司。
工部的首任尚書為單安仁，侍郎為張允文和楊翼。洪武六年，分四個屬部，即總部、虞部、水部、屯田部。八年增立四科。十三年，以屯田部為屯部。二十二年，改總部為營部。二十九年，定為營繕、虞衡、都水、屯田四個清吏司。設郎中、員外郎、立事各1人，另轄寶源局、軍器局等。
永樂十九年（公元1421年），明成祖遷都北京，改南京為留都。南京除了沒有皇帝之外，其他各種官僚機構的設置完全和北京壹樣。南京所設立之六部稱“南六部”，雖同有壹套職官，但多安置閑散退休或被排斥的官員，其職權遠不如北京六部。所以，南京各官自成壹種勢力，與北京明爭暗鬥，兩京官員叠為消長，操縱朝局。這是明代的壹種奇特現象。
明代六部所屬各清吏司之郎中、員外郎、主事等司官，皆為實際任職之人，所以頗能上下其手，招降納賄。
明代六部尚書往往不拘定額，可以添差，故有道士而任禮部尚書，工頭而任工部尚書的現象。 明代初年，沿元舊制，設禦史臺，洪武十三年（公元1380年）五月罷禦史臺。十五年改置都察院。這個機構為明代所創設的，與前代禦史臺之制不甚相同。都察院設左右都禦史、左右副都禦史、左右僉都禦史及浙江、江西、福建、四川、陜西、雲南、河南、廣西、廣東、山西、山東、湖廣、貴州等十三道監察禦史***110人。都禦史為臺長，與六部平行，合稱七卿。都禦史之職，據《明史·職官誌二》說：
都禦史職專糾劾百司，辯明冤枉，提督各道，為天子耳目風紀之司。凡大臣奸邪，小人構黨，作威福亂政者，劾。凡百官猥茸貪冒壞官紀者，劾。凡學術不正，上書陳言變亂成憲，希進用者，劾。遇期覲，考察，同吏部司賢否陟黜。大獄重囚會鞫於外朝，偕刑部、大理讞平之。其奉敕內地，拊循外地，各專其敕行事。可見明代都禦史的權力很大，凡官吏之考察黜陟則會同吏部、重大刑獄則會同刑部與大理院。其他各官署則分屬十三道監察禦史稽察。監察禦史充任的職務，遠比前代繁重。據《明史·職官誌二》所載：在內兩京刷卷，巡視京營、監臨鄉、會試及武舉，巡視光祿，巡視倉場，巡視內庫、皇城、五城、輪值登聞鼓。在外巡按（北直隸二人，南直隸三人，宣大壹人，遼東壹人，甘肅壹人，十三省各壹人），清軍，提督學校（兩京各壹人，萬歷末南京增設壹人）。巡鹽（兩淮壹人，兩浙壹人，長蘆壹人，河東壹人），茶馬（陜西）、巡漕、巡關、儹運、印馬、屯田。師行則監軍紀功，各以其事專監察。而巡按則代天子巡狩，所按藩服大臣、府州縣官諸考察，舉劾尤專，大事奏裁，小事立斷。按臨所至，必先審錄罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辯之。
禦史權重如此，所以選授也極慎重，自永樂八年（公元1410年）以後，規定禦史必從進士及監生中有學識並通達治體者選任。《明會要·職官五》引《三編》載：
永樂七年（公元1409年），召禦史張循理等二十八人至，問其出身，皆由進士及監生，惟洪秉等四人由吏。帝曰：“用人雖不專壹途，然禦史為朝廷耳目之寄，宜用有學識通達治體者。”黜秉等為序班。詔：“自今勿復用吏。”明年冬，申諭吏部，著為令。
禦史之權既重，然處事若有差失，懲辦也極嚴厲。據《世法錄》記載，洪武十五年（公元1382年）五月，禦史雷勵誤把良民判為徒罪。明太祖查獲其事，責之曰：“朝廷能使頑惡懾伏，良善得所者在法耳。少有偏重，民無所守。爾為禦史，執法不平，何以激濁揚清，伸理冤枉？徒罪尚可改正，若死罪論決，可以再生乎？”並命法司論雷勵之罪，以示警戒。就連書寫失誤，也被認為不稱職而壹例治罪。據《夢余錄》記載，宣德間，禦史謝瑤在薦舉文牘上誤書被薦者姓氏，奏書上呈後，又自陳改正。宣宗謂吏部曰：“古人奏牘皆存敬慎，石慶書‘馬’字缺點，懼及死。今薦賢不知其姓，豈能知其才？輕率如此，豈稱禦史之職？”便把謝瑤貶為交阯大蠻縣知縣。宣德十年（公元1435年），宣宗又特諭都察院：“朝廷設風憲，所以重耳目之寄，嚴紀綱之任。近年以來，未盡得人，妄逞威福，是非倒置，風紀廢弛，令吏部：今後，初仕者不許銓除風憲。凡監察禦史有缺，令都察院堂上及各道官保舉，務要開具實行，移咨吏部，審察不謬，然後奏除。其後有犯贓及不稱職，舉者同罪”。可見有明壹代，對禦史官的選授和督察是甚為嚴格的。 元代有四方獻言詳定司，後又置通政院，其職掌不相同。明代於洪武三年（公元1370年）三月，置察言司，以王文卿、原本兩人為司令，掌受四方章奏，旋罷。洪武十年（公元1377年）七月，置通政司，設通政使1人，正三品；左、右通政各1人，正四品；謄黃右通政1人，正四品；左、右通議各1人，正五品。其屬官有經歷司經歷1人，正七品；知事1人，正八品。《明史·職官誌二》載：
通政使掌受內外章疏、敷奏、封駁之事。凡四方陳情建言，申訴冤滯，或告不法等事，於底簿內謄寫訴告緣由，狀奏聞。凡天下臣民實封入遞，即於公廳啟視，節寫副本，然後奏聞。即五軍、六部、都察院等衙門，有事關機密重大者，其入奏仍用本司印信。凡諸司公文，勘合辨驗允當，編號註寫，公文用“日照之記”，勘合用“驗正之記”關防之。凡在外之題本、奏本，在京之奏本，並受之，於早朝匯而進之。有徑自封進者則參駁。午朝則引奏臣民之言事者，有機密則不時入奏。有違誤則籍而匯請。凡抄發，照駁諸司公移及勘合，訟牒，勾提件數，給繇人員，月終類奏，歲終通奏。凡議大政、大獄及會推文、武大臣，必參預。
洪武十年（公元1377年），以曾秉正為首任通政使，劉仁為左通政使。上任之時明太祖曉諭說：“政猶水也，欲其常通，故以‘通政’名官。卿其審命令以正百司，達幽隱以通庶務。當執奏者勿忌避，當駁正者勿阿隨，當敷陳者毋隱蔽，當引見者毋留難”。可見明太祖對這個機構是相當重視的。
通政使司是明代創設的，其職能似乎有類於南北朝的通事舍人、唐代的知匭使、宋代的閤門使及通進銀臺司等機構之合並。在理論上是君主和臣下之間的壹個聯系機關，任何官署上奏事件都必須經由其手，所以居七卿之下的最高位次，有資格參預“廷推”。據《夢餘錄》記載，通政司門下有壹紅牌，書雲“奏事使”。持此牌可以直入內府，守衛官不得阻攔，這給通政使奏事提供了方便，下情能及時上達。通政司出納王命，為朝廷之喉舌，其封奏皆自禦前開拆，故奸臣有事即露，無幸免者。天順（公元1457-1464年）以後，其作用雖稍減弱，但也為權奸所警戒。據《明史·嚴嵩傳》載，嘉靖中，趙文華與嚴嵩結為父子，嚴嵩念“己過惡多，得私人在通政，劾疏至，可豫為計”。故以文華為通政使，及明中、晚期，通政司實際已被奸黨所控制，通達下情之意，蕩然無存了。清代君主直接受理奏章，通政使即變成閑曹，而其品秩卻依然如舊。