形而上學，是原始哲學的壹個門類，指對在無法用經驗證據證明的情況下，對世界本質的猜測。[1]它最初是研究"存在"的本體論體系，其理論原則是柏拉圖的"世界二重化"。13世紀起被作為哲學名詞，用以指研究超經驗的東西（靈魂、意誌自由等）的學問。
在現代科學發軔之前，科學問題被當做哲學的壹部分來研究，被稱為自然哲學。
術語“science”（科學，拉丁語為scientia）原本只有“knowledge”（知識）的意思。然而，隨著科學方法的廣泛運用，自然哲學逐漸轉變為了壹種源於實驗和數學的可靠方法體系，與哲學的其他領域分道揚鑣。到了十八世紀末，它開始被稱為“科學”以示其與哲學的區別。