壹、功能不同
1、86年版五筆：86版具有“抓屏造詞”與“即造即用”等功能，又可以方便地維護詞庫與碼表。
2、98年版五筆：不具有“抓屏造詞”與“即造即用”等功能。
二、碼元的設置不同
1、86年版五筆：增加了大量的有用的字根，像“夫”，有了它使得潛、扶、年、制等字特別好打。
2、98年版五筆：刪除了少量不十分有用的字根。像五筆字型中有壹個“戔”的字根，錢、線、箋等字都要組成，不過“戔”可以用“壹”和“戈”兩個現成字根簡單地組成，所以在王碼中這個字根被去掉了。
三、“組”字的方法不同
1、86年版五筆：組字方法沒有簡化，容易出錯。
2、98年版五筆：組字方法進行簡化帶來很大方便，五筆字型的高手最容易出現的錯誤是像“即”、“退”、“既”等字，因為這幾個字分別是“VC”或“VE”，98王碼將兩種並成了壹種，決不會出現錯誤。
百度百科-五筆字型輸入法
百度百科-王碼五筆86版