上帝看到了這壹切，他非常後悔創造了人類，他對人類犯下的罪感到非常難過。上帝說:“我要把人和野獸，昆蟲和空中的飛鳥從地上消滅。”但他不願意毀掉自己所有的創作。他希望新壹代的人和動物能更聽話，悔過自新，建立壹個理想的世界。
在這些有罪的人中，只有挪亞在神的眼中得寵。上帝認為他是壹個正直的人，遵守他的職責；他的三個兒子在父親的嚴格教育下沒有誤入歧途。諾亞也經常告誡身邊的人，要停止作惡，擺脫罪惡的生活。但是人家不把他的話當回事，繼續我行我素，壹味的作惡和取樂。
神選擇了挪亞的家庭:挪亞和他的妻子，三個兒子和他們的兒媳，並把他們保存下來，作為新壹代人類的種子。上帝告訴他們，七天後，他們將進行大毀滅，並要求他們用歌斐木建造壹個方舟，壹個房間壹個房間地建造，內外抹上松香。約櫃長300肘，寬50肘，高30肘。櫃的上方應該有壹個透明的窗戶，旁邊應該開壹扇門。方舟應分為上、中、下三層。他們立刻做了這件事。
神看見方舟造好了，就說:“看哪，我要使洪水泛濫在地上，毀滅普天下，地上壹切有氣息的活物都要死亡。我要與妳立約，妳和妳的妻子、兒子、兒媳都要進入方舟。凡潔凈的牲畜，妳要帶七公七母；不潔凈的牲畜，妳要帶壹公壹母；空中的鳥也要帶七公七母。這些將來都可以在地面上種植和繁殖。”
2月17日，諾亞600歲生日，海洋的泉水全部裂開，巨大的水柱從地面噴射而出。天上的窗戶全開著，40天沒日沒夜的下雨。水無處流，急漲，比最高的山還高15肘。陸地上用肺呼吸的動物都死了，只有方舟裏的人和動物的種子安然無恙。方舟承載著上帝的厚望，漂流在壹望無際的汪洋上。
神看顧挪亞和方舟裏的飛禽走獸，就命雨停，風生浪，風把水吹起，水漸漸退去。諾亞方舟停靠在阿拉拉特山的邊緣。幾天後，諾亞打開方舟的窗戶，放出壹只烏鴉去探聽消息，但那只烏鴉再也沒有回來。諾亞又放了壹只鴿子，讓它看看地上的水是否退去了。因為到處都是水，鴿子找不到落腳的地方，飛回方舟。七天後，諾亞再次放飛了鴿子。黃昏時分，鴿子叼著橄欖葉飛了回來，顯然是從樹上啄下來的。七天後，諾亞又把鴿子放了，這次鴿子再也沒有回來。挪亞601歲的時候，地上的水在1年6月幹了。諾亞開門壹看，地上的水退了。到2月27日，地球已經完全幹燥。神就對挪亞說:“妳和妳的妻子、兒女、兒媳都可以出去。妳應該把船上所有的飛禽走獸和爬行動物都帶出來，讓它們在地上繁殖生長。”於是挪亞壹家和方舟裏所有的動物都各從其類出來了。