十五年後，達摩圓寂，惠科成為少林寺第二代方丈。他有五個得意弟子:慧遠、慧世、慧女、慧仁、慧孔。每個人都練武，都有自己的絕活。
住持惠科潛心禪修，高深禪定，成為慈禧太後的老師，經常進宮為慈禧太後講學。洛陽王是方丈的舊識，來與方丈下棋。惠科說，最近有這麽多麻煩，弟子們很難打坐。洛陽王說朝廷正在擴充後宮，允許各地招收布衣，送入宮中，非常緊急，很難違背聖旨。按照前朝的規定，後宮太多，現在頻繁廢立，戰亂多。誰得了天下不想及時吃喝玩樂？
俘虜女兒的首領孫霸在洛陽王手下，殺人如麻。以他為首的忠臣也趁機劫掠，但百姓稍有反抗，全家被殺，十室九空，民怨沸騰。所有被搶的平民都被送到了王宓，但是沒有人看到他們被送到了皇宮。弟子慧師等人覺得奇怪，潛入洛陽王宓壹探究竟。在洛陽王宓，他們發現了壹個大秘密:原來洛陽國王在自己的宮殿裏建了壹個密室，這個密室是壹座豪華的皇宮。洛陽王想造反，想稱王。他軟禁了住持惠科，並希望惠科和少林弟子幫助他“成就大事”，但被住持惠科嚴詞拒絕。洛陽王氣得想殺了方丈。弟子們憑借高超的武功和正直的品格，救出了師父，滅了洛陽王。
戰爭年代，少林寺周邊土匪猖獗，經常搶掠財物，殘害百姓，欺行霸市，無惡不作。當地人民深受其害。被土匪騷擾的人無家可歸，逃到少林寺。慧方丈可以收留很多村民和帶著慈悲心逃離的人。為了弄清土匪的來歷和行跡，弟子們外出調查。經過調查，發現這夥人的頭目是老麽子，武功高強，手段狠毒。可是武功無比的少林弟子，哪裏是他的對手？幾經激戰，徒弟們抓住了土匪頭子老妖，送到縣衙。受害者都感激涕零。
然而，奇怪的是，老妖很快就逃出了縣監獄，消失了。弟子們就去質問縣令左縣令。左縣令說，正是因為自己監管不嚴，加上老妖兒武功高，才不小心讓他跑了。少林弟子對左縣令的說法表示懷疑，並進行了深入調查。原來老妖其實是左縣令的叔叔，左縣令去學校求官，都是老妖支持的。所以老妖被土匪搶劫，被左縣令保護。現在左縣令還是要用老妖搶的錢弄點錢來升官。逃亡的老妖對少林寺恨之入骨，多次潛入寺內鬧事，但各種伎倆都被方丈慧眼識破，未果。經過調查，弟子們查出了左縣令暗中保護老妖的真相，弟子們揭發了左縣令，除掉了老妖。少林害人害己，眾人拍手稱快。
有壹段時間，方丈覺得弟子們的武功不見長進。生於亂世，佛教雖遠離紅塵，卻也負有保護百姓和寺廟的責任。但長此以往，妳連自己都保護不了，更別說拯救眾生了。方丈深感憂慮。有壹天，方丈告訴弟子，越王勾踐為了打敗吳王，費盡心機，讓越國最有名的鐵匠為他打了壹把天下無敵的寶劍，真是天下無雙，為越王奪回了天下。達摩祖師到中原後，偶然有了這把劍。物以類聚，人以類聚。父親死後，這把劍成了人人都想得到的稀世珍寶。這把劍被藏在深山裏，放在白雲山祖師曾經修煉過的山洞裏，由四位少林武學大師看管。如今江湖上盜賊橫行，各色人等為了號令江湖，都盯上了越王之劍。四大劍衛是少林寺的前輩，年紀都不小了。為了避免更多的血腥殺戮，他們希望少林寺能參加今年的武林大會，拿下越王之劍，以平江湖，穩武林。
五個徒弟帶著師傅的命令出山，來到白雲洞。江湖高手早已雲集於此，比拼劍法。五兄弟與江湖高手變招招認，武功漸長，最終擊敗。然而，取劍的過程更加艱難。少林四大護法個個武功高強。五位弟子在打鬥中也受到了前輩的啟發，武功提高了不少。最後，他們莊嚴地將四大宗師的寶劍交付給少林師徒。少林師徒莊嚴地從守護寶劍的四長老手中接過越王寶劍，拋下懸崖。
“世界上沒有什麽是珍貴的，最高貴的是壹個人的美德！”方丈說。
至此，他們明白了師父和前輩們的良苦用心。在奪劍的過程中，五位弟子提高了武功，開闊了眼界，結識了周國野心勃勃的大將隋文帝。當我回到我的主人身邊時，我深深地關心著我的祖國。
壹天晚上，壹個受了重傷的信差和尚來到少林寺，自稱來自鄴城，交給惠科壹封鄴城寺方丈的信。不久，信差和尚死了。惠科讀了這封信後更加驚訝。葉城寺方丈在信中稱，壹群自稱來自少林的僧人不守戒律，在葉城寺胡作非為，是佛教的恥辱。請方丈惠科親自前往鄴城，了解情況，懲罰弟子。惠科和他的弟子們覺得很奇怪，決定連夜趕往鄴城。查明情況，維護少林聲譽。
當時達摩祖師渡河，來到禪宗祖庭少林寺。我身上什麽也沒有，只有壹件袈裟。達摩將此袈裟交給弟子惠科。他對惠科說，從現在開始，我將對內傳遞法國國璽以證明我的心，對外支付袈裟以確立我的目的。既然妳已經接受了我的著裝規範，以後人家就麻煩了。只要給我看袈裟和我的著裝規範，讓人們相信妳已經得到了佛法。達摩袈裟由達摩傳下來，成為少林寺的重要遺物。每次惠科有重要的佛事活動，他都會隨身攜帶。此行，惠科還帶來了達摩袈裟。
到了葉城，經過摸底調查和暗訪，惠科發現所謂的少林和尚全是假的，目的就是為了把他吸引到葉城來。惠科也被壹個人囚禁，這個人就是今天齊國的大老師，道亨也是整個事件的幕後策劃者。道亨是惠科的哥哥。他是達摩的弟子。因其執著邪念，試圖竊取達摩袈裟，被達摩憤怒地逐出少林。多少年來，道亨壹直對惠科懷恨在心，壹直夢想著屬於他的法衣。成為失去高陽控制權的佛教徒後，我覺得是時候拿回袈裟了。惠科苦口婆心地規勸弄得頭昏腦脹的道亨。他能聽哪裏？為了讓失去知覺的大師高楊幫助他奪回法衣，他向高楊描述了法衣的神奇和強大。高楊還想要法衣，揚言要滅佛。就在高楊準備處決保護者住持惠科時，他因試圖篡奪哥哥的王位而意外中毒。少林師徒懲罰道亨，保護法衣。
幾經劫難，達摩袈裟重回少林。
壹個神秘的女孩出現在少林寺，在黑暗中跟蹤惠仁。原來這個姑娘是北周的公主。許多年以前，惠仁是皇宮的侍衛，愛上了公主。為了把兩者分開，周武帝派惠仁去邊疆。多年以後，公主得知慧仁在少林寺出家，便私逃長安，來到少林寺見慧仁。惠仁以出家為由，忍痛拒絕了公主。我不想。在回長安的路上，公主被叛軍大將魏赤炯搶走了。惠仁撞山門救公主。方丈放心不下，派少林寺五兄弟下山保護惠仁。六兄弟相見後，救出公主，經魏赤炯多次努力，找到隋文帝。在隋文帝的支持下，六師兄率領大軍平息了尉遲氏家族的叛亂，拯救了長安。在皇宮正殿，惠仁要求周武帝世俗，娶公主為妻，但迫於壓力，周武帝不得不嫁給胡，將公主嫁給胡可汗。為了國家的利益，宇文公主含淚嫁走了，四師兄傷心地回到了少林寺。
齊國亡後，齊王下令殺魏氏宗親，牽連眾多家族，已有三千多人被殺。當壹群江湖人士來到少林寺時，他們都要求方丈惠科交出壹個重要人物——魏王子。惠科告訴他的門徒壹個隱藏多年的驚人秘密。惠始是魏的太子覺遠！殺死魏王的惡霸必須鏟除。江湖人士被殺魏王的惡霸毒害，紛紛前來保命。救了的秦風，希望能以太子的身份出來，命令舊軍恢復魏家，保全親戚。是離開這座山還是留在寺廟裏，住持惠科讓惠始自己決定。惠施決定打山門，欲救魏氏於水火，收復大魏江山。
其他弟子同情背負民族仇恨的惠始，在出手時留有余地。惠始很幸運地離開了神廟。然而，救民於水火，收復魏家又談何容易？經過長時間的戰爭和殺戮，惠始在神廟裏看到了遍地的廢墟和屍體。作為王子，他帶兵討賊，他不得不做出壹次又壹次戰鬥的決定，這違背了佛教的教義和他師父的教導。這大大刺激了惠始。
在經歷了壹次又壹次的生死災難，壹次又壹次的戰爭和殺戮之後，惠始親眼目睹了無辜生命的消失。他心如刀割，對魏氏宗室的恢復毫無希望。他不但沒有拯救魏家，反而讓逃出魔掌的堂弟、堂弟為他丟了性命。這場殺戮何時結束？隋文帝的軍隊趕走了昏君高楊和昏君高燕後，惠始決定回到少林，回到他心靈平靜的地方，回到他的師父和其他弟子那裏。
惠施回到師父身邊，惠科說，萬事皆有定數。妳應該有這次搶劫。回到寺裏就可以安心抄經了。
君主虞雯奉周武帝滅佛詔，率軍封少林寺。那個余非常貪財。看到廟裏的金銀佛像和器物是壹筆巨大的財富，他趁機發了大財。他害怕世界上所有的佛教徒都會報道這件事。他到了寺廟，就掠奪侵占寺廟財物，他就屠殺僧人，封住世界之口。因為少林寺和尚有習武的傳統，個個武功高強，他不敢輕視。擔心自己強硬，特意從邊境調了壹個武功高強，殺人技巧高超的高手過來。少林寺裏有壹尊純金佛像，是壹位西域僧人送給佛法創始人的。少林寺的寺寶，惠科指示弟子們要好好珍藏。於來到少林寺，見到了方丈。果然，他想看看少林寺寶藏裏的小金佛。惠科說，這座寺廟確實有壹尊金佛，但那尊佛像是創始人達摩留下的聖物，這座寺廟的僧侶每天都應該尊重它。朝廷和王爺若尊佛，可以來此寺朝拜祈福，貧僧也歡迎。然而，當今世界並不太平。為了防止發生意外，貧僧已經讓弟子們把佛像帶到安全的地方。
余惱羞成怒，命令匡將少林師徒趕出少林寺。余手裏拿著的聖旨。少林師徒怎敢輕舉妄動？惠科和少林弟子不得不離開寺廟，躲在僧場的茅屋裏。余得到了廟裏的金銀器皿，還挖出了金佛。他還不滿足，下令狂刀將少林寺的僧場全部埋進王宓的官地。張道匡領兵將少林弟子圍在僧場。眾弟子保護師父，逃出圍城，躲進壹個山洞。第二天，無奈的方丈遣散了大批僧人，只留下五個徒弟和幾個和尚。其余弟子跪在方丈面前，發誓與師父生死與共。方丈召見弟子，告訴他們現在只有壹個辦法，或許可以拯救天下的僧人。妳拿這封信當老師。不管經歷什麽磨難，都要去長安見聖者。如果滅佛聖旨真的是武帝的本意，我們就應該向武帝進諫，勸他以天下為念，取消禁佛令。只有這樣，我們才能拯救世界上的寺廟和僧侶。
於惱羞成怒，下令把方丈燒死。其他六名弟子前往長安，勸說周武帝收回毀佛詔書，並揭露於濫殺無辜的暴行。於是派人壹路追趕，惠奴受了重傷。師兄弟目瞪口呆於手下的大將。五師兄九死壹生來到長安，卻不想余早到。他們用自己的心腹設下圈套，誣陷五師兄殺害欽差大臣，把他們關進監獄。隋文帝得知後，想盡辦法找到罪魁禍首，為五師兄報仇。周武帝也受其影響，收回了滅佛詔書。
利欲熏心的狂刀張殺了余，搶走了金佛。狂刀張在帶著金佛逃亡的路上，遇到了回寺的惠施等少林弟子。少林弟子與狂刀張激戰奪佛。狂刀張在打鬥中被金佛擊中，吐血而死...
經歷了壹場災難的少林寺，又聽到了鐘鼓聲和雜技聲...
受了重傷的惠科和慧奴在小娥夫婦的精心治療下恢復了健康。慧奴和喜悅把惠科送到少林寺門口。大家懷著復雜的心情看著少林寺的大門...