功能菜單主要分為四個部分:基本、高級、註釋上傳和導出。
該網站支持四種數據格式的文件:newick（通用格式）、nhx、nexus和phyloXML。
通過MEGA等軟件將系統發育樹保存為newick格式的文件，然後單擊基本工具欄中的上傳樹文件選項，輸入項目和名稱，然後選擇要導入的文件，最後單擊提交即可完成文件導入。
通過基本和高級中的壹些功能選項來個性化進化樹的字體和樹形。
點擊標註上傳選項中的樹分支顏色設置按鈕，輸入文件名，並在下方的數據窗口中輸入具體參數，為相應的分支添加顏色（具體參數請點擊幫助查看官方詳細配置說明）；
點擊註釋上傳選項中的字體顏色設置按鈕，輸入文件名，並在下方的數據窗口中輸入具體參數，為相應的字體添加顏色（具體參數請點擊幫助查看官方詳細配置說明）；
點擊註釋上傳選項中的字體背景顏色設置按鈕，輸入文件名，並在下方的數據窗口中輸入具體參數，為相應的字體背景添加顏色（具體參數請點擊幫助查看官方詳細配置說明）；
點擊批註上傳選項中的組標簽設置按鈕，輸入文件名，並在下方的數據窗口中輸入具體參數，即可為相應的組添加標簽（具體參數請點擊幫助查看官方詳細配置說明）；
點擊標註上傳選項中的標簽裝飾設置按鈕，輸入文件名，並在下方的數據窗口中輸入具體參數，即可為相應分支添加標簽（具體參數請點擊幫助查看官方詳細配置說明）；
點擊註釋上傳選項中的形狀標簽設置按鈕，輸入文件名，並在下方的數據窗口中輸入具體參數，即可為相應的分支添加形狀標簽（具體參數請點擊幫助查看官方詳細配置說明）；
點擊註釋上傳選項中的柱形圖設置按鈕，輸入文件名，並在下方的數據窗口中輸入具體參數，即可為相應分支添加柱形圖（具體參數請點擊幫助查看官方詳細配置說明）；
點擊註釋上傳選項中的氣泡圖設置按鈕，輸入文件名，並在下方的數據窗口中輸入具體參數，即可將氣泡圖添加到相應的分支中（具體參數請點擊幫助查看官方詳細配置說明）；
點擊註釋上傳選項中的熱圖設置按鈕，輸入文件名，並在下方的數據窗口中輸入具體參數，即可將熱圖添加到相應的分支中（具體參數請點擊幫助查看官方詳細配置說明）；
點擊標註上傳選項中的bootstrap設置按鈕，輸入文件名，在下方的數據窗口中輸入具體參數，即可顯示對應分支的bootstrap值（具體參數請點擊幫助查看官方詳細配置說明）；
除了上述美化設置外，您還可以顯示蛋白質域等信息，您可以探索這些信息；
您可以通過左側的工具欄查看已添加的圖形，並且可以調整它們是否顯示以及顯示順序。而且這個網站還提供了很多例子供大家參考。
通過導出按鈕導出圖形，支持pdf/png/jpeg/tif等多種格式。