哈佛大學和燕京大學聯合成立的漢學研究所，總部設在哈佛大學，北平辦事處設在燕京大學。哈佛燕京學社的建立應該從司徒雷登開始。
在燕京大學任職期間，司徒雷登幾乎每年都回美國籌措辦學經費。壹個偶然的機會，他得知查爾斯·馬丁·霍爾(查爾斯·馬丁·霍爾1863-1914)有壹筆巨額遺產捐給了教育基金，他的遺囑中寫明壹部分將用於研究中國文化。赫爾對中國文化的迷戀是因為年輕時兩個中國學生給他留下的美好印象。因此，他在去世前，在遺囑中做了上述安排，提出在美國和中國各選擇壹所大學，共同組成壹個機構，開展研究中國文化的計劃。赫爾死於壹戰爆發的那壹年，他的遺囑在幾年後付諸實施。司徒雷登想爭取焰炟大學入選中國大學拿到這筆錢，但最後因為焰炟大學剛剛成立，名氣遠不如北京大學，所以被執行人選擇了美國的哈佛大學和中國的北京大學，挫敗了司徒雷登的如意算盤。然而，隨後發生的事情對司徒雷登來說卻是天賜良機。
哈佛大學收到赫爾的捐款後，開始實施漢學研究計劃。1924年，哈佛大學派曾長期在上海生活的美國人華納到敦煌千佛洞“考古”。華納到達敦煌後，用70兩白銀“香火錢”買下寺廟，剝下千佛洞部分壁畫運回國內，引起當地民眾極大憤慨。次年，哈佛大學派沃納組織了壹個小型的“敦煌考古隊”到中國，並請北京大學陪他去敦煌“考古”。鑒於沃納之前的行為，當地對“考古隊”還算客氣，但卻找各種借口，多方面限制。華納等人心血來潮，失望而歸，只拍了壹些照片帶回去工作。敦煌考古隊也解散了。
燕京大學的壹個學生曾經在華納做翻譯。敦煌考古隊解散後，該生返校。司徒雷登從他口中得知華納與北大的考古合作失敗，大驚小怪。他告訴中國教育部副部長秦分，然後教育部通知外交部，抗議華納公司違反國際法。雖然事情被美國政府敷衍了事，但哈佛大學覺得太尷尬了，對華納很生氣，對北大很不滿。司徒雷登借此機會活躍了壹下，1926回到了美國。他與哈佛大學協商合作，以燕京大學的名義研究中國文化，結果大獲成功。1928年春天，哈佛燕京社在這裏正式成立。
哈佛燕京學社北京辦事處設執行董事壹名，由在中國出生的美國人傅接任。傅曾任燕京大學文科學長、教授、哲學系主任。1939年，傅卸任，洪、斯、聶崇啟、繼任，負責監督資金的使用和分配。1941年太平洋戰爭爆發，北平被侵華日軍占領，燕京大學被迫於1942年遷至四川成都，哈佛燕京社繼續在成都活動。日本投降後，燕京大學遷回，學會恢復北平辦事處。新中國成立後，燕京大學於1951年春改為公立，次年並入北京大學，哈佛燕京學社北京辦事處也隨之撤銷，歷時23個春秋。
為了培養漢學人才，學會同時在燕京大學和哈佛大學招收研究生，兩所大學合作培養。哈佛大學東方語言系壹名研究生在準備博士論文期間被派往中國深造，兩年後回國提交論文，才被授予東方學博士學位。燕京大學從1928開始招收研究生。經過兩年的學習，他寫了壹篇論文，由學會北平辦事處聘請的專家組成了壹個面試委員會。面試後是“碩士研究生”，畢業時被授予學位。此外，還有留學生。第壹個送到哈佛大學學習的是歷史系畢業生，四年後回國，獲得哈佛大學東方學博士學位。為了縮短留學生在美國的壽命，學會規定所有被派往哈佛大學的人員必須在國內取得碩士學位。
購買書籍和資料。為了配合研究，學會在哈佛大學建立了“漢和圖書館”，專門收藏中文和日文書籍。到20世紀40年代末，藏書已達10萬冊，為漢學研究提供了充分的文獻保障。在燕京大學，從1928開始，社會每年撥款買書，從3000到4000元不等。收藏對象以線裝古籍為主，部分日文和西文的東方學書刊全部收藏在燕京大學圖書館。據調查，焰炟圖書館成立之初，藏書只有三四萬冊。因為這是壹所教會學校，藏書主要是西文。從1928開始，中國古籍不斷得到補充。到1950年代，大約有40萬本書(不包括報紙和期刊)，其中四分之三是用這筆資金購買的。該社北平辦事處前執行主任聶崇啟回憶，當時購買的書籍都以實用為主，很少購買昂貴的宋元明古籍。經過多年積累，實用古籍已基本使用，余額僅略低於善本，數量有限。至於1950，花了1250萬元買了明洪的《西廂記》，因為當年的圖書余額還算充裕，如果歸還，下壹年的圖書預算就會被削減，於是就有了上述的“英雄之舉”。
學會在出版書刊方面也取得了突出的成績。哈佛大學出版了《哈佛亞洲研究雜誌》和美國特刊。從1935開始，漢英詞典開始編纂。首先，在燕京大學的協助下，把《康熙字典》、《裴賦》等中國韻書和字典中的字抄在卡片上，送到哈佛大學。然後被哈佛大學翻譯成英文。在翻譯過程中，哈佛大學發現中國的字典中的引文與原文有很多出入，於是將壹些卡片寄回中國，請人壹壹核對。據聶崇啟回憶，“到1951年春，只有《佩雲紋賦》壹種沒有被查”。《漢英大詞典》的編纂雖然進展緩慢，但遙遙無期，而哈佛燕京學社卻聲名鵲起，成為美國東方學研究的焦點。該學會在燕京大學創辦並出版的《燕京學社》更是聞名遐邇。
哈佛燕京學社北京辦事處終於和燕京大學壹起完成了自己的旅程。半個世紀過去了，歲月的塵埃無法抹去它在中國文化史上留下的軌跡。哈佛大學的學術社團總部延續至今。據悉，北京大學計劃在北大百年校慶之際舉辦首屆國際漢學大會。在受邀的國際漢學研究機構和專家中，“哈佛大學哈佛燕京學社”脫穎而出。