之後東皇十子犯天條，東皇從輕處罰，大魔女誇父不滿，日日作亂，東皇十子殺了誇父。大魔女後羿大怒，在部落的幫助下，利用魔女氏族的各種秘術，制造弓箭，殺死九個太陽。後羿被很多妖神殺死。東皇十子把誇父和後羿的精華裝在壹個葫蘆裏，為的是斬仙飛刀。(在這壹戰中，東晉皇帝的第十個兒子路雅成了道士，大放異彩。)
結果導致了巫妖大戰。巫族現存十巫，妖族女媧、東皇太乙，三清、結印、準提五大聖人合壹。經過這壹戰，東方太乙皇帝被殺，十祖也是身體受傷。壹些古老的惡魔家族死去，壹些躲藏起來，壹些加入了仙道(例如靈寶道君創立了壹個教派，並被尊為田童的領袖)。惡魔家族雖然弱小，但卻控制著因果輪回中的六大司。巫族雖然弱小，但力量依然強大。
此後，釋迦牟尼創立於元初，其弟子有雲中子、十二金仙等。)和攔截宗教(大弟子是道士，沒有聖母等。)都漲了。以道士扮演薩滿的角色，建立西方宗教，以道士為佛祖阿彌陀佛，以道士為二教主。
人類世界依然存在著偉大的巫族，他們把妖族和人類視為壹個氏族(女媧人為創造的)，依然爭鬥不休。九黎部落蚩尤利用部落的力量，以巫術的秘技，建造了十二神惡靈大陣，希望能集十二祖靈為己用。但人教大興，軒轅成了廣的弟子(廣是第壹個解釋十二金仙的)。廣程子幫助軒轅殺死蚩尤，消滅了他的部落，軒轅成了皇帝。後來顓頊的軒轅孫家族傷了吳族首領九峰，滅了他的吳族。至此，巫族解散，偶爾有大巫，但不成氣候。到了大禹時期，教育達到了頂峰。
巫妖戰爭之後，人類世界被打碎成無數碎片，散落成壹個宇宙，再也無法閉合。在業力之輪的六大司附近，因為太陽星和月亮星幸存下來，碎片形成了地球，又因為陰陽滋潤，有了靈氣。人類世界剩下的大部分神仙、妖魔、人，那些擁有神奇力量的人，都移居到了仙界，和更早移民過去的居民壹起生活在仙界。神通廣大者，自創門派，在仙界修行。而分散在洪水深處的居民，因為距離無限遠，無法回來。
東皇駕崩後，三清推薦洪鈞身邊的男孩和女孩為玉帝和天後。