因為這次飛行沒有交會對接任務，神六為了這個功能取消了附加段。此外，飛船增加了40多個設備和6個軟件，使設備和82個軟件的數量超過654.38+萬。
神六的改進大致可以歸納為四個方面:【屏蔽廣告】
第壹，圍繞兩人多日任務的改進。首先，準備了充足甚至過剩的航天員消耗品，包括食物、水和睡袋。食品櫃放在軌道艙裏，以前是空著的。按照每人每天壹個半熱水瓶的用水量，航天員的水是用水箱和單獨的軟包裝準備的。其次，提高了駕駛艙的環境控制能力。壹個人壹天呼出近壹升水。神六提高了凝結水汽的能力，擴大了凝結水箱，在所有裸露的管道上貼上了吸水材料，保證飛船的濕度控制在80%以下。艙內的氧氣、溫度和濕度可以自動感應和調節。
第二，軌道艙功能和用途的改進。宇航員的生活必需品很多，比如食物加熱裝置、餐具等。軌道艙裏掛著壹個睡袋，供兩名航天員輪流休息。在失重狀態下，人其實可以在空中睡覺，但考慮到地面人的習慣，通過睡袋人為制造壹種“床”的感覺，否則宇航員睡覺時可能會有墜入深淵的錯覺。軌道艙裏還有專門的清潔櫃，宇航員可以用濕巾等物品進行清潔。這是第壹次使用集尿器。
第三，提高航天員的安全性。返回艙的航天員座椅設計有著陸緩沖功能，這是為了在推力火箭出現故障時保證航天員的安全。在神舟五號飛船中，只有楊利偉乘坐的座椅具有著陸緩沖功能，而且有壹個小缺陷，就是座椅升級後航天員很難在返回前看到舷窗外的情況。神六重新設計了緩沖器，結合全船進行了反復試驗。從塔上和飛機上投下的三次試驗每次都成功。如果返回艙和軌道艙之間的艙門在返回時沒有關緊，就會威脅到航天員的安全。三名宇航員在俄羅斯遇難。神六科研人員成功研制出艙門密封快速自動檢查裝置，並歷時數月研制出壹種專用抹布，不產生纖維、靜電、異味，專門用於清潔艙門。
第四，持續改進。中國載人航天工程於1992年正式啟動，至今已13年。飛船上原來用的壹些部件和原材料已經不生產了，有些技術也有點過時了。神六做了壹些日常的持續改進。比如神舟壹號到神舟五號上的“黑匣子”是1994年研制的，存儲容量只有10兆。如今黑匣子的存儲容量不僅比原來大了100倍，數據的讀寫速度也提高了10倍以上，體積卻不到原來的壹半。
神舟六號飛船的組成
軌道艙:“多功能廳”
神舟飛船軌道艙為圓柱體，全長2.8米，最大直徑2.25米。壹端與返回艙連接，另壹端與空間對接機構連接。神六的軌道艙之所以叫“多功能廳”，是因為除了起飛和返回的時候，其他時間兩位航天員都在軌道艙裏。軌道艙集工作、吃飯、睡覺、洗漱、方便等多種功能於壹體。
逃逸塔:保證飛船的安全。
逃逸塔:位於飛船前部，高8米。它實際上是由壹系列火箭發動機組成的小型運載火箭。運載火箭的火箭發射前900秒到發射後160秒期間？火箭的運行距離從0到100公裏不等。在緊急情況下，這個救生塔將緊急啟動，將神舟六號飛船的返回艙和軌道艙拖離火箭，迅速逃離危險區域，通過降落傘降落到安全地帶。