1958年7月，為加快安徽建設，改變皖北人民缺醫少藥的局面，國家決定借助原上海第二醫學院(現上海交大醫學院)的力量，建立蚌埠醫學院。
學校位於淮河流域重要的交通樞紐城市蚌埠，緊鄰淮河千裏。它傳承著景觀保育的光環，從杏林流傳到世界。有龍子湖校區、淮河校區、紅葉校區、淮上校區、高鐵校區，占地1.760多畝。是安徽省園林式單位和綠化模範單位，安徽省首屆文明單位，安徽省第十壹屆文明單位。