1949三原解放後,王子元堅定不移地依靠和支持* * *生產黨。他經常對人說:“除了無神論,* * *產黨為國為民的所有理念,都是我壹生的希望,至今都在實現。”他認真學習黨和國家的方針政策,響應黨的號召,把西北A&M學院和振興中學交給了國家。他積極參加社會活動,在擔任人民陪審員時,深入群眾調查研究,使壹起逼死案的原兇手得到了應有的懲罰,10嫌疑對象獲得了自由,在當地影響很大。1955三原縣第壹屆CPPCC成員。
1950年,吳耀宗牧師等人發起了“三自愛國運動”,王子元對此非常支持。他說:“中國的教會必須是自治的、自養的、自傳體的。我辦教會十幾年的經驗充分證明,這是復興中國教會的必由之路。”振國中學收歸國有後,校園裏的禮拜堂也移交了。為了讓附近的教區居民有地方做禮拜,他到處去。在政府的同意下,當地的教區居民共同努力,建立了壹個四室教堂,並堅持“三自管理”的原則來經營自己的教堂。由於缺少傳教士,當地成員請他主持禮拜,又因為他不是牧師,堅持不上臺布道。因此,在1952年下半年,在他的教區居民的推薦下,朱忠裕牧師任命王子元為長老,然後他正式主持教會的工作,並在各地布道。1959年,王子元懷著愛國主義和基督教的虔誠,關心祖國和平統壹大業,關心教會工作的困難。他親自進京,拜訪了黃炎培、邵力子等老朋友,陳述了和平解放臺灣省的主張和執行黨的宗教政策,並懷著對* * *產黨的無限信任,擬給毛主席和黨中央寫信。老朋友告訴他目前的情況,勸他謹慎。回到陜西後,他仍然寫了壹個意見,提交中央。在極左路線的影響下,王子元於1960年4月被以“保護性拘留”的名義拘留。在獄中,他堅信自己和平統壹祖國的願望和貫徹黨的宗教政策的意見是正確的。雖然在1962被囚禁,但他給中共中央寫了和平解放臺灣省的呼籲書。在當時的歷史條件下,他的願望無法被理解,所以他經常齋戒祈禱。1964年1月19死於獄中。從65438年到0978年,王子元冤案經過認真復查得到了徹底平反。