秦氏勤於著述,醫文並茂。1921年創辦上海中醫書局，自編醫書醫刊，校訂古籍，整理出版。生平著作甚豐，達數百萬字，較有影響的有《秦氏內經學》、《內經類證》、《內經知要淺解》、《金匱要略淺釋》、《內經病機十九條之研究》、《清代名醫醫案精華》、《中醫入門》、《中醫臨證備要》、《謙齋醫學講稿》等50余種。在報刊、雜誌發表論文、小品、史話等數百篇。秦氏還工詩詞，善書畫，好金石之學， 40歲時曾刊印《謙齋詩詞集》七卷。