嘗隨泉州名醫蔡宗玉（茗莊）學醫，頗有心得。嘗於京師治愈壹偏癱患者而譽滿京師，後嘗任內常救治疾病。後歸裏於嵩山井山草堂講學。平生著述甚豐，其醫學思想皆本自《內經》、《傷寒論》、《金匱要略》，撰成《金匱要略淺註》、《金匱方歌括》、《傷寒論淺註》、《傷寒醫訣串解》、《神農本草經讀》。於仲景之學，他反對錯簡論，其治學嚴謹，力求以“深入淺出，返博為約”，“由淺入深，從簡及繁”，致力於醫學之通俗化，著有《醫學三字經》、《醫學實在易》等，為初學門徑書，流傳極廣。其他著作尚有《靈素節要淺註》、《女科要旨》、《神農本草經讀》、《時方歌括》、《十藥神書註解》。後世將其醫書合刊為《南雅堂醫書全集》或稱《陳修園醫書十六種》；尚有《陳修園醫書》二十壹種、六十種、七十二種等等。其尊經崇古思想較深，對張景嶽、李時珍等著名醫家，均有激烈之抨擊，其言論亦為醫家所非議。