上海古籍出版社的主要組織機構有：黨委辦公室、社長、總編辦公室、編審室、壹編室、二編室、三編室、四編室、五編室、六編室、七編室、美編室、校對科、出版科、發行壹科、發行二科、文化經營部、宣傳信息科、人事科、財務科、行政科、儲運部。