吉林大學古籍研究所首任所長是著名古文字學家姚孝遂教授。其後，著名學者林沄教授、吳振武教授、陳恩林教授先後擔任古籍研究所所長。現任所長為張鶴泉教授。著名古文字學家於省吾教授、著名歷史學家金景芳教授、著名文獻學家羅繼祖教授都曾經擔任古籍研究所的學術顧問。
古籍研究所建立後，設置了古文字學研究室、先秦文獻研究室、歷史文獻研究室。這三個研究室分別以於省吾、金景芳、羅繼祖教授為學術帶頭人。以後，根據形勢的發展的需要，於1998年又設置了中國書法文獻研究室，先秦文獻研究室更名為先秦兩漢文獻研究室。現在古文字研究室主任為馮勝君博士，先秦兩漢文獻研究室主任為朱紅林博士，歷史文獻研究室主任為張固也博士，中國書法文獻研究室主任為叢文俊教授。
古籍研究所建立後，便承擔中國古代史和考古學兩個博士點的建設。後由於學科調整考古學博士點移至吉林大學考古學系。1998年古籍研究所依靠自身的力量又獲得了歷史文獻學博士點。2002年，歷史文獻學被批準為吉林省重點學科。
古籍研究所建立後，所屬各研究室的教師先後出版壹大批有影響的學術專著，並發表了大量學術論文。其中古文字研究室有影響的代表性成果有：於省吾教授《甲骨文字釋林》、《甲骨文字詁林》，姚孝遂教授《殷墟甲骨刻辭類纂》、《殷墟甲骨刻辭摹釋總集》、《小屯南地甲骨考釋》，吳振武教授《珍秦齋藏印（戰國篇）》、湯余惠教授《戰國銘文選》、《戰國文字編》，何琳儀教授《戰國文字通論》等，先秦兩漢文獻研究室有影響的代表著作有：金景芳教授《中國奴隸社會史》（獲教育部首屆人文社會科學二等獎）、《學易四種》、金景芳、呂紹綱教授《周易全解》、《〈尚書·虞夏書〉新解》（獲教育部第二屆人文社會科學二等獎）、陳恩林教授《先秦軍事制度研究》、張鶴泉教授《周代祭祀研究》、《光武帝劉秀傳》、呂文郁教授《周代采邑制度研究》等；歷史文獻研究室有影響的代表作品有：羅繼祖教授《楓窗脞語》、《墐戶錄》、《庭聞憶略》、王同策教授《〈菜根譚〉註釋》、叢文俊教授《中國書法史（先秦、秦卷）》、張固也博士《〈新唐書·藝文誌〉補》等。
古籍所建所後，承擔和完成了壹批國家、全國高校古籍整理委員會、教育部重要項目，其中絕大多數都取得了重大學術成果。
古籍所建所後，培養了壹大批博士和碩士研究生。現已畢業的博士研究生有52名、碩士研究生有203名。他們在全國高校科研、教學和其他崗位上都發揮著中堅骨幹作用。
古籍研究所教師目前有教職工21人，其中教授9人、副教授4人、講師3人、助教1人、工作人員4人。
古籍研究所目前承擔國家哲學社會科學基金重點項目2項，國家哲學社會科學基金青年項目1項；國家哲學社會科學基金壹般項目2項；國家教委博士點基金項目1項；國家科技部夏商周斷代工程子項目1項；教育部跨世紀人才工程項目1項；教育部國家“十五”規劃教材項目1項；全國高校古籍整理委員會古籍整理項目10項。
吉林大學古籍研究所目前承擔中國古代史、歷史文獻學、漢語言文字學三個博士點建設，在古文字學、歷史文獻學、書法文獻、歷史語言文獻、先秦史、秦漢史、魏晉南北朝史七個研究方向招收博士和碩士研究生。現有在讀博士研究生74人、碩士研究生113人。
吉林大學古籍研究所目前是全國高校古籍整理委員會所屬重點研究所，在學科建設和科研實力上與全國同類研究所相比，都處於領先地位，應該說它是在全國具有重大學術影響的古籍研究所之壹。