清順治二年(1645)，開設圖書館編纂《明史》，任命內蒙古第三醫院大學士全峰、洪承疇為院長。但由於清初戰亂和朝廷在各省的忌諱，資料收集不多，實際上並沒有開展編纂工作。康熙十八年，重新開光史館。清廷任命許為監，國子監學士葉凡愛、右庶子張玉書為庭長，並延攬唐彬等50名有學問的學者參與編纂。許還要求和布衣壹起參與歷史之局，做這件事的主人。
萬斯同，(1638 ~ 1702)，浙江鄞縣人，浙東著名歷史學家。他精通各種歷史，熟悉明朝的經典和軼事。明史編纂開始後，出例，準類分題，分工合作。二十壹年，又以唐彬、許為大總統。三十年史稿初，共416卷。然而，第壹稿沒有提交，因為它“不完整和不壹致”。
三十三年，張玉書、為監，、為社長，繼續編撰。王延請、錢等國內名人，委以修史重任，歷時八年。四十壹年，萬斯同去世。四十八年，王隨原官回鄉，在家中刪改傳記史料手稿。《明史》共出版205卷，53年提交。後來他取了初稿的年譜、表格、人物傳記，稍加修改，與人物傳記壹起，成為三百壹十卷的《明史》初稿，於雍正元年(1723)呈上。這是衡雲山的《明史》草稿。
同年7月，歷史博物館重新開放，由張、任主席。在《明史稿》的基礎上，按照分工進行了編纂和修改，十三年完成，乾隆四年提交，在武英殿正式出版。清朝歷時95年的《明史》完成。這是中國歷史上最長的官方史書。