忍者這個稱謂正式使用是在日本江戶時代，但忍者的歷史可以追溯到更加久遠的年代。據說在日本首次派遣“忍者”完成任務的是聖德太子。在當時，忍者普遍被稱為“忍”（shinobi），同時各個時代各個地區對忍者也有其特有的稱謂：如飛鳥時代稱為“誌能便（shinobi）”，奈良時代稱為“斥候”，戰國時代叫法很多，其中流傳最廣是“亂波”，由武田信玄命名，而江戶時代使用的就是和今天壹樣的“忍者”。
江戶時代是忍者這壹名稱正式確立的時期，同時也是日本在德川家族統治下和平時期的開始，這導致忍者失去了活動的舞臺，作用越來越小，終至於淡出人們的視野。許多忍術也因而失傳。關於忍者活動的最後記載，是1637年的“島原之亂”，忍者作為幕府的部下參與了這場戰鬥。
忍者的工作，主要是為主君進行秘策、破壞、暗殺、收集敵方前線情報、攪亂敵方後援基地等種種諜報活動。忍者在世時必須隱姓埋名，與黑暗為伍，也不能留下只言片語，以免日後東窗事發。因此，關於忍者的歷史記錄寥寥無幾，目前只發現忍術秘本中記錄了聖德太子身邊的壹位忍者，忍者的起源也成為壹個歷史難題。
目前，日本各地雖有無以計數的忍術流派，但追根究底，忍術的源頭都要上溯到伊賀（三重縣西北部）、甲賀（滋賀縣南部）兩地。兩者祖出同緣，多有親戚關系。但若彼此的雇主（主君）處於敵對關系，他們便不得不同室操戈，甚至兄弟鬩墻。
另壹方面，為了使忍術世代相傳，他們之間也不得不頻繁通婚，因此兩者可以說是唇亡齒寒的關系。這也不難理解，生長在該地的男女男女，為了守住家族的秘密，是不可能同異鄉人結婚生子的。而且男忍者的妻子通常也是忍者。她們自幼便對忍者耳濡目染，忍者身上發生的壹切她們已習以為常。試想丈夫哪天突然不辭而別，普通女人是難以忍受的。
忍者級別
15世紀到16世紀末的戰國時代，而戰國時代也可以說是忍者“百花齊放，百家爭鳴”的時代。忍者又分為上忍、中忍、下忍。『上忍』，又稱『智囊忍』，專門策劃整體的作戰步驟。『中忍』，是實際作戰的指揮頭子，當然，忍術也得超然出眾才行。『下忍』，又稱『體忍』，相當於現在的特戰部隊，是在最前線作戰的實際忍者。三者之間有等級關系的涇渭分明，“下忍”對『中忍』唯命是從，『中忍』對『上忍』俯首帖耳。
忍術的流派和教科書
在戰國時代，忍術開始有長足的進步，因為這個時代非常需要忍術，武術和兵法。但是和兵法，武術不同的是，忍術有他的獨特性.忍術發達的地區有以下幾處忍術的流派也就是用以下的地名當作流派的名稱：
武藏，甲斐，越後，信濃，等四州
伊賀，甲賀，紀伊，等三州
其中後三州的忍術在日本是最為發達的.
伊賀與甲賀離京都很近，地勢都屬於重山險阻圍繞的封閉小盆地。雖然貧瘠，但是在戰略上的位置卻是十分的重要：因為它們靠近日本的中央近畿地帶。在戰國時代在伊賀與甲賀的彈丸之地上先後崛起了六十多家土豪（每家的最大兵力不超過50個人，按中國的算法他們充其量就是小股的土匪武裝而已）。地盤雖小，這裏的競爭卻是是超乎外人想像的激烈。土豪們彼此虛情假意的結盟，暗中互相刺探壹旦抓住機會就予以對手無情的打擊。這兩塊充滿了殘忍、狡詐的血腥山地逐漸演化成忍術發展的大本營。伊賀跟甲賀對忍者事業的最大貢獻就是對忍術的理論基礎和技能作出了系統化，編出了壹本忍者的修煉寶典——《萬川集海》。雖然流派不同，忍者們修練的經典都是《萬川集海》這本書，這本書的內容就是教導忍者如何施行忍術的壹切理論基礎與技能指導。
在德川家族第四代將軍德川家綱時代的延寶4年（1676年），甲賀的隱士藤林保武結合中國和日本歷代名將的思想與武學精華，參照《六韜》和《孫子兵法》的內容寫成了集忍道、忍術、忍器於壹體的忍者究極修行指南。並參照中國古籍《文選·左思·吳都賦》中的"百川派別，歸海而匯"思想，將書命名為《萬川集海》。正如書名所示《萬川集海》就是海納百川取各流派精髓的意思。
《萬川集海》由正心、將知、陰忍、陽忍、天時、忍器六部分組成。此書成為了後來忍者修行的必讀教材。《六韜》和《孫子兵法》是對《萬川集海》及忍術整體發展影響較深的兩部古代著作，由此也可以看出，這些中國古代的軍事武學思想為以後日本忍術的發展壯大奠定了充實的理論基礎，這是忍術最早的確源於中國的明證，可以說《萬川集海》是日本人學習中國古代軍事精華和密術玄學修煉之道後的概括總結。
著名忍者
百地三太夫，又名百地丹波。是壹個以伊賀上野為駐點的土豪、乃伊賀上忍三大家之壹。在鬼瘤砦擊退了織田信雄的伊賀平定軍。終身與織田家抗戰到底的傳奇式忍者。
石川五右衛門，伊賀忍者。作為百地三太夫的部下，曾經潛入大阪城想刺殺豐臣秀吉。可惜由於不慎觸動寶物“千鳥的香爐”而被發現，後被豐臣秀吉處死。
鈴木佐大夫，雜賀眾的頭領。雜賀眾是壹個以鐵炮（火槍）作為主要武器的傭兵集團。由於當時鐵炮珍貴，所以雜賀眾的戰力自然不容忽視。與本願寺勾結抗擊織田信長。後來在與豐臣秀吉的戰鬥中被殺。
出浦盛清 1546～1623 對馬守.和橫谷左近幸重入仕真田昌幸·信之的忍者部隊首領,被並稱為真田忍者雙璧.原是信濃村上氏的支族,出生於信濃埴科郡阪城町.最初侍奉武田信玄,任透波頭子.武田滅亡後,在海津入仕了森長可,後來改投昌幸,被任命為吾妻奉行,作為真田家臣壹員,統率屬下的吾妻忍表現活躍.
鵜飼孫六 生歿年不詳 甲賀忍者.甲賀五十三家的鵜飼源八郎壹族.有在松平元康(德川家康)從今川方獨立的三河上郷城攻時,接受戸田三郎四郎邀請率甲賀忍者二百名潛入城中,在城內制造混亂最終使城池陷落的記錄.
円珍 生歿年不詳 接受了被追出京都的足利義澄請求,襲擊了當時的將軍義稙.是個在宗門有僧籍設置,擁有「夜討ち上手」之異名的家夥.數次的偷襲,卻只讓義稙受了少許輕傷,可以說是完全的失敗.其後在沒有他的消息.
果心 生歿年不詳被稱為果心居士的幻術大師級人物.最初在大和興福寺設置有僧籍的異能力修驗者.因為修煉幻術而後被興福寺除名.在江戶初期興福寺僧侶所留傳下的《外道逆風集》中,也有壹段有關果心居士的記述:「果心,二十四,廢佛法歸外道.」所謂「外道」,在此處指的正是婆羅門教.有邪教之意.據傳天正十二年六月因為在秀吉面前使用幻術而被殺死,但真實情況不明.
加藤段蔵 生歿年不詳俗稱「飛(鳶)加藤」.戰國時期最為出名的異能力忍者之壹.先入仕越後之龍上杉謙信,由於過於恐怖的能力而遭到謙信所忌逃離;改投了甲斐之虎武田信玄麾下軍師山本勘助.當勘助將他推薦給信玄時,被信玄認為乃魑魅魍魎壹類,命土屋昌次殺之,最後在馬場信房的屋敷被射死.1869年刊行的《名將言行錄》中,記載著信玄當時為何下令斬掉加藤的理由:「那種異乎尋常的功夫,將來很可能成為葬送武田家的武器,現在除掉比較安全.」（加藤段藏在有了前車之鑒後反被第二次同樣的原因害死，故疑為加藤是上杉謙信派往武田信玄處的特殊奸細）
唐澤玄蕃 生歿年不詳 原來是信濃沢渡的野武士,服侍真田昌幸·信之的伊那忍者.其名記載於真田昌幸上州攻略時的陣立家臣名單內.天正初期與割田新兵衛壹起潛入信濃尻高城,火攻成功.長筱戰役時也有他的名字出現,並穿越危地平安歸國.
神戸ノ小南 生歿年不詳 戰國時期伊賀國神戶鄉的下忍.據說他的忍術在各國的忍者間有很高的評價,認為是令人恐懼的忍者.同
樣見於忍術書『萬川集海』十壹位伊賀流忍術名家(也稱伊賀十壹達人),也是南伊賀忍者入選的唯壹人. 城戸
彌左衛門 生歿年不詳 俗稱「音羽的城戶」.伊賀十壹達人之壹.戰國時期伊賀國音羽鄉的中忍.以壹手精準的鐵炮技術令眾人畏懼.天正九年(1581)信長平定伊賀時曾遭到他的狙擊,可惜未中.刺殺失敗後被信長所通緝,其後不知所蹤.
高山ノ太郎次郎 生歿年不詳 伊賀十壹達人之壹.本名不明.出現於「甲山」壹書,戰國時期的伊賀國上野鄉的下忍.因為擁有很高的忍術而被眾忍所懼.他的屋敷跡到現在依舊存在,作為上野公園內的「伊賀忍者屋敷」現存著.
筱山理兵衛 ? ～1600 名景春.甲賀五十三家之壹的大原氏壹族,筱山監物的弟弟.原為羽柴秀吉屬下.小牧長久手壹戰被信雄認為通敵而被放逐成為浪人.慶長元年成為德川家臣;四年,任伊賀郡代.德川家康上杉討伐回國時,豐臣家五奉行的長束正家在其居城近江水口(岡山)城謀劃暗殺家康,並景春看破通知,家康得以逃脫.關原之戰時守伏見城,討死.
佐田彥四郎 生歿年不詳 毛利元就家臣杉原播磨守盛重的屬下忍者.三人兄弟之長兄(次弟甚五郎,末弟小鼠).善於偽裝之術,有「狐貍的變化」之稱號.歷史上有在秀吉圍攻上月城熟,率領麾下忍軍參戰的記載.
下柘植ノ木猿·小猿 生歿年不詳 戰國時期伊賀國下柘植鄉的下忍,伊賀十壹達人之壹.有驅使猿猴的特殊技能及樹木隱身法而為眾人稱道.木猿本名為上月佐助,所以也有人說真田十勇士之壹的猿飛佐助其實指的是他.
新堂ノ小太郎 生歿年不詳 伊賀十壹達人之壹.有名「金藤」的說法.戰國時期伊賀國新堂鄉的下忍.其身擁有高超的忍術技能而為眾忍所畏懼.
杉谷善住坊 ? ～1573 甲賀五十三家之壹的杉谷家當主與藤次之子,有「可射落飛鳥」稱號的鐵炮高手.1570年,受六角義賢指示,在鈴鹿山系千草山中的椋木峠狙擊織田信長.在離信長12～3間之距開火,結果子彈穿透了信長小袖的下擺,刺殺失敗.為信長通緝而逃到近江高島郡隱居.3年後被磯野員昌逮捕,送交信長.最後被活埋處死.
高羽左兵衛 生歿年不詳 伊賀十壹達人之壹,通稱「上野ノ左」,左四郎.伊賀國上野鄉的下忍.以擅長変裝術而聞名.就算在忍者間,也是個令其他同行感到恐懼的家夥.
柘植清広 1542～1631 俗稱三之丞.有「威風流 (柘植流)」之稱的鐵炮術高手,伊賀下忍.有說法是德川家康的「伊賀穿越 (甲賀的資料及甲賀越過存在)」帶路的並不是服部半藏,而是這個柘植三之丞清廣.
奈佐日本之助 ? ～1581 山陰地方的海賊頭目.曾與山中鹿介幸盛壹起為尼子家復興而配合同毛利軍戰鬥.不過,戰敗後歸降了吉川元春.後來被秀吉不滿其海盜行為而被捕,在丸山城自殺.
禰津信政 生歿年不詳 俗稱神平.是侍奉真田幸隆·昌幸的忍者集體首領.原出生於有馴鷹者之家稱號的禰津家,其妹為幸隆之妻.甲陽流忍術之家元.後代女忍者集團「禰津流」的創立者.其術為幕末的松代藩繼承.
野村ノ大炊孫太夫 生歿年不詳 戰國時期伊賀國野村鄉的下忍.伊賀十壹達人之壹.以高超的忍術為各國忍者所畏懼.
服部半蔵 1542～1596 德川十六將之壹.本名石見守正成,俗稱「大半藏」.伊賀上忍.本能寺之變時,協助家康實現了「伊賀穿越」.回到三河後成為德川家忍者頭目.他配下的多數忍者在資料收集,諜報活動方面表現得非常活躍.而半藏本人,與其說是忍者,還不如說是位擅長槍法的德川家康麾下能幹的戰鬥指揮官.現在東京的「半藏門」,就是因為那裏曾是他的屋敷而被命名.
服部保長 生歿年不詳 半藏正成的父親.居住於伊賀國服部鄉的服部家本宗當主,也是上忍三家裏最具勢力的人.原來以「千賀地」的姓氏侍奉足利義晴,致仕的時候改姓服部.其後侍奉松平清康·廣忠·家康三代.其他詳細情況不明.
伴長信 生歿年不詳 通稱太郎左衛門.甲賀五十三家最有勢力的上忍伴家當主.前後受命於六角義賢和織田信長,指揮著麾下的甲賀忍者作戰.本能寺之變時,作為信長側翼牽制明智軍.兵敗討死.
風魔小太郎 生歿年不詳以箱根山為根據地的相州亂波忍者軍團首領.相傳風魔流是小田原北條氏的忍軍,擁有忍者二百余.其首領小太郎生於相模足利下郡,本名風間,是個身長七尺二寸 (約216Cm)的巨人.在與甲州武田氏的戰鬥中,曾親自潛入武田本陣放火攪亂.武田也發出對風魔的通緝令,只是未果.後,北條衰敗.江戶時代的風魔,依舊與之夙敵德川家進行不屈的鬥爭.慶長八年(1603),由於有人告密,小太郎被捕,後以火刑處死,風魔滅亡.除此之外,小太郎還是日本漫畫中相當有名的角色.
藤林長門守 生歿年不詳伊賀上忍三家之壹的同國北部與甲賀境相接的居住於湯舟鄉藤林家當主.名保豐.以武勇及謀略而聞名.有受今川義元雇傭之際傳授山本勘助忍術的記載(「藤林家由緒書」).同時也是忍者聖典「萬川集海」編者藤林保武的先祖.有說原先是服部家的支流,逐漸開始獨立,最後形成藤林家;也有人認為他和百地丹波是同壹人.
望月出雲守 生歿年不詳甲賀五十三家最有勢力的上忍之壹.居住於近江國甲賀郡龍法師鄉的望月家當主.也是信濃國名族滋野三家之壹的望月支流,由擅長煙火術的「甲賀三郎」建立.在伊賀甲賀兩地曾有「伊賀是服部,甲賀乃望月」的盛名.望月氏的屋敷跡現在更是作為「甲賀流忍術屋敷」而殘存.
百地丹波守生歿年不詳名正西,也有說是世襲之稱號,不能確定.伊賀竜口的伊賀上忍三家之壹百地家當主.服部保長上京後成為掌握了伊賀實權.天正七年(1579)九月,織田勢第壹次攻伊賀,百地丹波指揮眾忍迎戰.此役,敵大將柘植三郎左衛門戦死,織田勢敗退.九年九月,伊賀之亂中擔當軍師,與國人眾壹齊迎戰織田信雄四萬四千大軍,英勇戰死.有說是傳授大盜賊石川五右衛門忍術的忍術達人百地三太夫弟子,也有說其實就是百地三太夫.
山田ノ八右衛門 生歿年不詳 戰國時期伊賀國山田鄉下忍,伊賀十壹達人之壹.善於雙忍術中高難度的變裝術及陰陽術.普段伊賀之壹宮敢國神社的世話人.
山中俊房 1559～? 俗稱大和守.甲賀五十三家最有勢力的上忍之壹山中家當主.最初錄屬六角義賢,六角滅亡後入仕織田信長,善於諜報活動.
橫谷幸重 生歿年不詳 俗稱左近.原來是以上田與沼田的中間地點要害雁ヶ沢城為據點的土豪.侍奉過真田昌幸·信之兩代.為真田譜代之臣.與出浦對馬壹起成為真田忍者集體首領而並稱雙璧.在昌幸參加的大多數戰役中都有他的名字.
鷲冢佐太夫 生歿年不詳 真田昌幸屬下所謂的「真田忍者」之壹.有說佐太夫之子既是猿飛佐助.其他詳細情況不明.
割田重勝 ? ～1618 下總守.真田昌幸家臣中被列為「吾妻七騎」之壹,也被認為是忍術高手.有在北條氏圍昌幸沼田城之時,從敵將松田憲秀那兒奪取名馬的記錄.大阪之役後成為盜賊,最後死在真田信之家臣出浦盛清手下.
猿飛佐助(幸吉)架空人物真田十勇士之壹.因相助真田左衛門佐幸村而被賜名「佐助」.在江戶後期(1825年)的「大阪夏之陣分配陣容圖」裏出現猿飛佐助的名字.而「立川文庫」中猿飛佐助乃信州鳥居峠的郷士鷲尾(鷲冢)佐太夫之子,在甲賀流忍術之戸澤白雲齋門下修行,後成為幸村家臣.
霧隱才藏 架空人物在『真田三代記』中,有幸村部下忍者霧隱鹿右衛門這個人物登場.這個鹿右衛門後改名才藏.也有說,這個霧隱才藏其實是江北大名淺井家的侍大將霧隱彈正左衛門的遺孤.淺井滅亡後逃到伊賀的名張,師從百地三太夫,習得忍術極意.後來成為姬路附近山中的山賊.壹日偶遇佐助.與甲賀流的猿飛佐助比試忍術後在其推薦下入仕幸村.在大阪夏之陣中表現活躍,數次騷擾德川本陣,是令家康頭疼的人物.大阪落城後,按幸村遺命,與幸村之子大助協力,成功帶著豐臣秀頼脫出重圍.
真田幸村 1567~1615 被譽為日本第壹強兵的名將.大阪夏之陣中帶領處於劣勢的豐臣家拼死抵抗德川家康.麾下真田十勇士多為忍者,本身也擅長將忍術用於戰陣.在最後面對十部於己的德川家大軍,毅然率領旗本赤備隊發起突擊,使用忍武者突擊戰法三次逼退德川家康本陣,殺得德川家康丟盔棄甲,狼狽逃竄.終因兵力耗盡,力竭陣亡。