國家民族事務委員會機關行政編制150名，其中設主任1名，副主任4名，專職委員2名。內設辦公廳、政策法規司、經濟發展司、文化宣傳司、教育司、國際司、規劃財務司、人事司等8個職能司(廳)。機關黨委負責委機關和在京直屬單位的黨群工作，辦事機構設在人事司。機關服務中心承擔機關的後勤管理和服務工作，轄有民族大世界商場、國家民委招待所等。
為促進少數民族教育事業的發展，國家民委轄有6所普通高等院校。這些院校主要招收少數民族學生。同時，還招收壹部分漢族學生。國家民委所屬的中央民族管理幹部學院承擔著培訓少數民族幹部的壹部分工作。
國家民委轄有壹些企事業單位。如國家民委民族問題研究中心、中國少數民族古籍整理研究室、中國民族博物館、中國民族語文翻譯中心、民族團結雜誌社、民族出版社、民族畫報社、中央民族歌舞團、民族文化宮及中國民族經濟開發服務總公司等。原屬國家民委的中國民族國際信托投資公司、中國民族旅行社等企業已與機關脫鉤。
國家民委負責指導地方民族工作，與全國人大民族委員會、全國政協民族和宗教委員會、國家宗教局等工作部門保持著密切的工作聯系。 辦公廳：協助委領導處理機關日常工作，協調安排委領導活動；承擔聯系兼職委員單位的具體工作；負責機關規章制度建設和國家民委有關綜合性文稿起草；負責機關會議活動管理和重要會議活動的組織、協調工作；承擔委內重要會議決定事項及委領導交辦事項的督查督辦，協調辦理人大代表建議和政協委員提案；承擔聯系民族自治地方和民族自治地方成立逢10周年慶祝有關工作；承擔少數民族重要學習、參觀、考察等事宜的具體工作和有關接待服務工作；負責機關值班工作；負責機關並指導在京直屬單位文電、應急、機要、檔案、保密、信訪等工作；承辦委領導交辦的其他事項。
政策法規司：起草民族法律法規草案，擬訂政策措施，承擔民族法律法規的普及宣傳教育工作；承辦民族識別、民族成份管理和民族團結進步表彰有關工作；辦理涉及少數民族風俗習慣的有關事宜；參與涉及我國少數民族人權的國際活動；配合有關部門開展涉及少數民族的婦女兒童、人口與計劃生育、老齡、殘疾人、雙擁等工作；承擔行政復議工作；承辦委領導交辦的其他事項。
監督檢查司：承擔民族法律法規和民族政策執行情況的督促檢查工作；承擔協調、指導民族區域自治法貫徹落實的具體工作；研究民族關系重大突發事件的預警、應急機制問題，承擔有關協調處理工作；研究提出協調民族關系的工作建議；參與協調民族地區社會穩定工作；推進民族事務服務體系和民族事務管理信息化建設；承辦委領導交辦的其他事項。
經濟發展司：研究提出少數民族和民族地區經濟發展特殊政策建議，協調或配合有關部門處理具體事宜；負責規劃管理和擬訂少數民族事業等專項規劃，承擔監督檢查規劃實施情況的具體工作；參與擬訂民族地區經濟社會相關領域的發展規劃；承擔民族統計分析和綜合評價監測體系的有關工作；承擔參與協調民族地區對口支援、經濟技術合作和民族貿易、民族特需商品生產的有關工作；承擔參與少數民族發展資金管理工作和扶貧工作；承辦委領導交辦的其他事項。
文化宣傳司：研究提出少數民族和民族地區文化、衛生、體育、廣播影視、新聞出版事業發展的特殊政策建議，協調、配合有關部門開展相關工作；組織指導宣傳教育工作，承擔民族政策、民族工作成就、民族基本知識的宣傳教育和有關對外宣傳工作；承擔新聞發布的組織工作，負責重要會議、活動的新聞報道；承擔民族文化的交流與合作工作，承辦重大民族文化、體育活動的具體事務；指導民族古籍的搜集、整理、出版工作，協助有關部門開展民族文物保護工作；指導直屬文化宣傳單位的業務工作；承辦委領導交辦的其他事項。
教育科技司：研究提出少數民族和民族地區教育、科技發展特殊政策建議，協調或配合有關部門處理具體事宜；配合辦理扶持、援助民族教育有關事項；承擔少數民族語言文字及翻譯的有關管理工作，參與協調雙語教育工作；指導有關科技科研工作；參與管理少數民族教育中央補助專款；指導民族語文機構和直屬民族院校業務工作；承辦委領導交辦的其他事項。
國際交流司（港澳臺辦）：研究擬定民族事務方面國際交流與合作的發展規劃；承辦民族工作領域有關對外和對港澳臺的交流與合作；了解境外少數民族同胞的有關情況，承辦協調處理少數民族涉外事宜；參與涉及民族事務的對外宣傳工作；歸口管理民委系統的涉外和涉港澳臺事務；承辦委領導交辦的其他事項。
財務司：承擔國家民委部門預算、機關本級財務收支和民族工作經費管理工作；承擔領導幹部經濟責任審計工作；承擔國家民委國有資產、基本建設、政府采購和住房制度改革管理工作；指導直屬單位財務管理、內部審計、國有資產、基本建設、政府采購和住房制度改革工作；承辦委領導交辦的其他事項。
人事司：參與少數民族人才隊伍建設規劃的擬訂和實施工作；承擔聯系少數民族幹部的具體工作，配合有關部門承辦少數民族幹部的培養教育、選拔推薦工作；負責機關及直屬單位人事管理及機構編制工作；承擔直屬社團管理工作;指導幹部教育培訓工作;承辦委領導交辦的其他事項。
機關黨委：負責宣傳和執行黨的路線方針政策，貫徹執行黨中央、上級組織和本組織的決議；負責對黨員進行教育、管理、監督和服務；協助黨組管理機關黨組織和群眾組織的幹部，配合幹部人事部門對機關行政領導幹部進行考核和民主評議，對機關行政幹部的任免、調動和獎懲提出意見和建議；領導直屬機關紀律檢查和反腐倡廉工作；領導機關工青婦等群眾組織；承辦黨風廉政建設辦公室、糾風辦公室、精神文明建設協調領導小組辦公室、防範和處理邪教問題領導小組辦公室日常工作；承辦委領導交辦的其他事項。
離退休幹部局：負責離退休幹部的思想政治工作，組織離退休幹部閱讀文件、參加學習和有關活動；負責離退休幹部的醫療保健、生活福利等服務工作；具體組織走訪慰問離退休幹部，承辦老年大學有關事宜，組織開展老齡教育和文體活動；負責辦理離退休幹部喪葬事宜；負責局財務工作；指導直屬單位的離退休幹部工作；承辦委領導交辦的其他事項。
政策研究室（民族問題研究中心）：起草有關民族工作和國家民委綜合性的重要文件文稿；組織對民族理論、民族政策、民族工作重大問題，以及世界民族問題、涉港澳臺民族問題和人權問題的研究；組織、協調國家民委重大調研活動的有關工作，承擔有關民族問題研究項目的規劃、立項、驗收及評獎等工作；指導全國民委系統的民族研究工作，聯系有關民族研究機構、學術團體和專家學者，組織並參與有關學術交流活動和有關民族工作決策咨詢論證活動；整理、編撰民族工作和國家民委重要文獻，負責編發有關刊物和年鑒；承辦國家民委交辦的其他事項。
信息中心：承擔政務信息和政務公開工作，指導民委系統信息和政務公開工作；承擔政務信息化建設、民族事務管理信息化建設工作；承辦政府網站，協助有關部門宣傳民族法律法規、民族政策和民族基本知識；承辦國家民委交辦的其他事項。
全國少數民族古籍整理研究室：承擔組織、協調、聯絡、指導民族地區搶救、搜集、整理、出版少數民族古籍工作；起草少數民族古籍工作的有關政策和法規草案；承擔組織制定少數民族古籍重點項目規劃及全國性重大課題的規劃與實施工作；承擔指導少數民族古籍人才培養培訓和少數民族古籍資料、信息管理工作；負責《民族古籍》刊物的編輯出版和少數民族古籍的宣傳與交流工作；承辦國家民委交辦的其他事項。
機關服務中心（局）：承擔機關的後勤服務保障工作；承擔委機關保衛、人民防空、交通安全、綠化、計劃生育、愛國衛生運動和義務獻血等工作，負責指導、監督、檢查、協調在京直屬單位安全保衛和人民防空的業務工作；承擔機關交由占有、使用的國有資產管理工作；指導和監督本單位管理的企事業單位經營管理工作；承辦國家民委交辦的其他事項。