自元代始，太醫院分為十三科，至明隆慶年間改為十壹科。
元代十三科為：大方脈、雜醫、小方脈、風、產、眼、口齒、咽喉、正骨、金瘡腫、針灸、祝由、禁。
明代十三科為：大方脈、小方脈、婦人、瘡瘍、針灸、眼、口齒、咽喉、傷寒、接骨、金鏃、按摩、祝由。
1571年，明代的十三科改為十壹科，增設了痘疹科，改瘡瘍為外科，接骨為正骨，去金鏃、祝由與按摩等科。
中醫應用：
1、大方脈：專門治療成年人疾病。大體相當於現在的內科。宋代十三科中即有此科，後沿用至清。
2、小方脈：專門治療小兒疾病。相當於現代的小兒科。宋、元、明、清代的太醫院均設小方脈。
3、正骨：元代十三科之壹，明代時更名為接骨科。為專門治療骨關節外傷性疾患的臨床分科。
4、風科：宋代始設風科，元代醫學分為十三科，風科是其中之壹，專門診治各種風病，實際上是大方脈的壹個分支。宋、元強調風邪在治病諸因素中的重要性，因而獨立設科。
5、口齒科：唐代包括於耳目口齒科內，宋代十壹科中有口齒咽喉科，元明醫學十三科中口齒科獨立為壹科。
6、產科：元代十三科之壹，專門治療婦女疾病，相當於現在的婦產科。
7、雜醫科：元代十三科之壹，專門治療雜病的學科。
8、眼科：唐以前眼科包括於耳目口齒科中，宋代始設眼科。其後元、明、清均沿此設立眼科。
9、咽喉科：唐宋及以前均混入耳目口齒科，元代醫學“十三科“始獨立設有咽喉科，明代亦沿此獨立設科。
10、金瘡腫科：多屬戰傷救治的專門學科。周代稱金瘍，為瘍醫科治療內容之壹。宋代設金鏃兼書禁科。元代始設金瘡腫科，明代設金鏃科。由於其治療對象多為箭、劍、刀等武器的創傷，故名。
11、針灸科：針灸療法由來已久，隋唐始設為專門的科目，宋有針兼灸科，元、明代均設有針灸科。
12、祝由科：用符咒禳病者為“祝由科”。
13、禁科：自唐代始設醫學各科起，便設有禁科。此後歷朝歷代醫學分科多有增、減變化，大多均設禁科或並入金鏃書禁科。直至清中葉改十壹科為九科時方取消禁科。禁科系以咒禁、畫符、祝由等各種非醫學方式以期治療疾病的壹類方法。
14、婦人科：明太醫院十三科之壹，專門治療婦女疾病的學科，相當於現代婦產科。
15、瘡瘍科：明代設立的太醫院十三科之壹。專門治療腫瘍、潰瘍、金刃所傷等外科疾患。相當於現代醫學中外科及皮膚科的治療範圍。
16、傷寒科：明代太醫院***設十三科，傷寒為其中之壹，是專門治療外感疾患的，類似於現代內科中設置的某些專科。
17、按摩科：明代設立的太醫院十三科之壹。此後按摩壹直獨立設科，作為壹種重要的醫療保健手段沿用至今。
祝由，就是祝說病由，不勞藥石的壹種古老的治病方法。始見於我國現存最早的醫書《黃帝內經》。
關於祝由的產生，《祝由十三科·自序》說：“有疾病者，對天祝其由，故名曰祝由科。”這種以咒治病的方法，大抵是從原始的宗教活動中逐步演變而來的。
因為中國醫學早於巫祝之術。上古“茹毛飲血”之際，人們巢居洞穴，刀耕火 種，日出而作，日落而息，其治 病療傷，不過針砭按摩之法。及至中古，始生敬畏之心，後文字出，鬼神泣。人心不古，遂生百病而憂生死。
今天，自然界中的壹些動物，仍然可以通過在木石上的摩擦和擠靠，以及覓食壹些草藥來為自己療傷治病，由此不難看出其中端倪。
遠古時候，由於人們對自然界所產生的壹些神秘現象和種種疾病無法認識和理解時，便認為天地之間萬物有靈，於是，各種原始圖騰和鬼神崇拜由此也應運而生，人們壹方面以藥石來療疾同時，另壹方面又嘗試著用符咒來治病，使符藥這兩種相悖的治病復合體***存在壹起，給傳統醫學增添了許多 神秘的色彩。後來，隨著醫學的不斷進步，符咒治病，這種古老的治病方法，才逐漸被藥物所替代。
《三國誌·魏誌·張魯傳》而深受普通百姓歡迎。壹時間信奉者甚多。後其孫張魯歸降曹魏，遂使天師道傳至北方，並為士大夫所接受。晉代書法家王羲之、王獻之父子二人歷代都篤信天師道。天師道重符咒而不事黃白之術。並以符水來為人驅鬼治病，祈福迎祥。其法簡約易行，流傳甚廣。對後世影響很 大。因此，又有古雲：“燕趙多俠客，蜀中出神仙。”
唐代詩人白居易《長恨歌》曰：“臨邛道士鴻都客，能使精誠致魂魄。”其所詠的就是四川的天師派道士。今，民間沿用的《家用增廣玉匣記》壹書就收錄有張天師祛病符法數十種，故在四川各地的火居道中，如清微壇、靈寶壇、上清壇等，其傳布的符法水章，大多數也是源於天師道。
由於其世系師承而秘不載書，可惜到了今天，大部份符咒已經瀕臨失傳了。唐宋，佛道興盛而互斥互滲，佛教隨之也融入了壹些道教的符咒和手印訣法。
其咒曰；“壹犯祖師在寅，二犯祖師在卯，三犯祖師在辰，三清九牛祖師在醜。民間俗稱翳子，中醫分星翳、雲翳兩種。
即現代醫學中的白內障。其致病機理尚不明確。民俗則認為，但凡家庭中開溝打竈修造動土，冒犯了神煞，即生星翳。
藥石往往不起作用，星翳日久則擴散成雲翳。又稱死翳。符咒藥石皆不可治。西醫則采取手術治療。因此，星翳初起，可請術士用符咒 治之即愈。這就是祝由之法。祝由科治病，自古以來，無論醫患，首重人品和緣份。
所謂“萬兩黃金不賣道，十字街頭送路人。”其傳授弟子，以道德為第壹，緣份 第二。性善為術家之根本，緣份為術家之天資，二者不可缺壹。
因此，又嚴重的制約了道教自身的發展。天資為先天帶來，性善為後天修積，天資者，即論其命中有無將星華蓋以及雷霆煞。
按《淵海子平》所說：“華蓋者，申子辰見辰，寅午戌見戌，亥卯未見未，巳酉醜見醜。”以其年柱日柱見其他三柱皆可。而《三命通會》 論其雷霆煞取法為：“正七月逢子，二八在寅方。三九居辰上，四十午位傷。五冬月申位，六臘戌位方。”逐月查之。然有緣者眾而有德者寡矣。
故其太上誡語又 曰：“不誠不敬者不治，毀謗天醫者不治；疑信不決者不治；重財輕命者不治；符咒不全者不治。。”因此要求術者與人施治，不取分文。也有不用符咒之術，其為 五行生克法。今川中的壹些祝由之法，有壹定的實用意義。纏腰火丹，西醫稱為帶狀泡疹。系病毒引起。而民間治法頗多，丘陵地區，將秋後沿樹所堆草垛束頂上的篾條圈取下，燒灰調過燈油擦之有奇效。
此外，天師道傳承的壹些符法水章，如天師符、招財符、鎮宅符、催生符、五雷符、太公符……以及天師神水、五鬥神水、太乙救苦神水、觀音神水、太陽神水、接骨神水等，其萬病壹水之法。在民間屢起沈屙，口碑甚好，均不可忽視。
中國道教民間信仰可謂根深蒂固，源遠流長，其中相關的民俗習慣是個極其復雜的社會問題。應該全面研究，認真對待，具體分析、正確引導，便之向著積極健康的方向發展。
祝由科與天師道系列符法，是中國道教文化的重要組成。漠視和回避，也不是我們作為研究學者所應該具有的、嚴謹的治學態度和務實的工作作風。
因此，我們學習和探索祝由科與天師道系列符法，無非是拋磚引玉，作壹點試探性的工作，有助於提高大家對道教文化的充分認識和深入了解，以期引起社會各界人士對道教文化的關註，為弘揚傳統的民族文化而力盡綿薄罷了。
今天，當物質的富有欲將人性泯滅的時候，精神上的貧乏又不得不引起我們的焦慮和不安。因此，提 倡以人為本，構建和諧社會，也無疑是壹劑良方。我們不否認白天是光明的，同樣也不否認黑夜是朦朧的。
但是在我們的現實生活之中卻缺壹不可。所以，我們決不能以科學的無神論來否定宗教的有神論。
愛因斯坦曾經說過：“沒有宗教的科學是跛子，沒有科學的宗教是瞎子。”正是因為如此，千百年來，人們對祝由科所能夠 產生各種神秘效應，更是深信不疑，樂道於今。
這就是我們民族文化的生命力所在。祝由治病，是我國傳統醫學心理療法的壹個雛形。她為中國醫學的全面開創和應用實踐奠定了基礎。其研究價值是毋庸置疑的。
在唐代，當時的太醫署便分設了四科。壹曰醫師、二曰針師、三曰按摩師、四曰咒禁師。
所謂咒禁師，即類似我們今天現代醫學所說的心理醫生。到了元明時代，其太醫院則將醫學分為十三科。最後壹科便是祝由科。
由此可見，祝由科已經正式被官方納入醫學科目之中。不言而喻，祝由科也的確存在著某些醫學診治價值，她為我們今天探索研究其在臨床醫學中到底有無實質性的治病效果，提供了壹些可靠而寶貴的原始資料。