1、含義不同
古文尚書原指《尚書》的壹種本子，後發展為學術體系之稱。傳說西漢景帝程姬之子劉余封為魯王後，為擴大王府，侵占壹部分孔子舊居，在屋壁中發現暗藏的《禮》、《論語》、《孝經》、《尚書》等簡書，因其字體遠在先秦，時人稱為蝌蚪文字。
今文尚書，是書名，為儒家經典《尚書》的壹種，二十八篇，我國先秦時期歷史文獻的匯編。先秦儒家所傳《尚書》原有百余篇，經秦焚書亡失。漢初，秦博士伏勝傳二十八篇。後學者遞相授受，分大小夏侯及歐陽三家。因為是以漢隸書寫，區別於當時的古文《尚書》，故稱“今文尚書”。
2、特點不同
《古文尚書》出現於漢代。所謂“古文”，是指早於小篆的先秦和六國所用的大篆或籀文等字體。當時離先秦時間不遠，出現這種文字的本子是完全可能的。計自西漢中期開始，先後相傳出現過數次。
經過歷代學者的考證辨析，基本認為《今文尚書》二十八篇是可信的先秦文獻，記述的內容上起於五帝時代的帝堯，下至於春秋時代的秦穆公，但是其創作時代不壹。
擴展資料：
從晉代以後，所謂的《尚書》是指今、古文《尚書》的合編，但這裏面的“古文尚書”已經不是漢代的“古文尚書”，而是魏晉時期人造的偽書，清代閻若璩《尚書古文疏證》壹書問世後，這個“古文尚書”是偽書已成為定讞。
所以從清代中葉的乾隆時期開始，清代學者把主要精力放在了研究今文二十八篇上，極力推崇漢代今文，用功甚勤，名著叠出，蔚為大觀，給後人研究《尚書》提供了很大方便。
因為《尚書》以“佶屈聱牙”最難於讀懂著稱，又以錯亂分歧最難於梳理著稱，清代樸學者便踏踏實實地針對這兩方面做了許多研究，下了極大功夫。
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