臺北故宮博物院文物是北京故宮博物院文物的壹部分，兩院只有合在壹起，才是壹個完整的故宮。兩院孰優?應該說是各有千秋，但都不完整。臺北故宮博物院70萬件藏品堪稱中國文化藝術之寶庫，北京故宮博物院超過了100萬件的珍藏同樣無人匹敵。遷臺的學者當時認為金石是最重要的，鼎是國家的象征，所以拿走了不少(2382件)青銅器；文人重視書畫，書畫本身也好運載，能拿的盡可能拿，***拿走了5424件。其中僅宋畫即達943幅，宋元山水畫系列可構成臺灣故宮博物院的極品特展。中國有君子佩玉之說，故玉器也拿走不少。陶瓷只拿走了壹部分，計17934件，但卻集中了北京故宮博物院各瓷器陳列室與敬事房的精品，可謂名窯畢備。著名的三希堂帖，北京故宮博物院藏有“三希”中的“二希”，而臺北藏有其中的“壹希”。郭熙的《早春圖》，現在臺北，北京沒有。北京有《清明上河圖》，臺北沒有。龍袍，中國歷代只有清王朝留下來的，當時的學者認為清朝的東西價值不大，沒有拿，所以臺北故宮博物院1件龍袍也沒有。
三十七年（1948）秋，國***戰爭形勢逆轉，故宮和中央圖書館、中央研究院史語所、中博籌備處決定挑選文物精品運往臺灣。該年年底，第壹批文物箱件由海軍載運駛離南京，抵達基隆。次年，第二批文物由商船，第三批箱件仍由海軍載運。故宮運臺文物***2,972箱，只是北平南遷箱件（13,491箱）的百分之二十二，但頗多精品。中博籌備處運臺的有852箱，也多是精品。
運臺圖書文物，政府成立國立中央博物圖書院館聯合管理處。聯管處將文物遷往臺中縣霧峰鄉北溝新建的山邊庫房存放，又開鑿防空山洞。聯管處時期，進行對文物的抽查、清點；接著從事整理編目，先後編印了多種書籍，並有小型陳列室對外開放參觀。其間也曾挑選精品前往美國，先後在華盛頓國家美術館等五處展出，先後在華盛頓國家美術館等五處展出，也參加過紐約「世界博覽會」。
故宮遷來臺北之後，陸續擴建數次，陳列空間逐漸擴大。五十七年（1968），又將圖書文獻從書畫組中劃分出來，使典藏文物單位由原來的古物、書畫兩組擴編為器物、書畫、圖書文獻三處。五十九年（1970），又在文獻處之下增設圖書館。其業務略舉大端：如對文物重新點檢、整理，詳細登錄；並且與其他機構進行合作交流。如六十年起協助臺灣大學歷史研究所增設中國藝術史組，這是臺大藝術史研究所的前身。該組作育出許多藝術史研究人才，部分並在故宮任職。六十七年（1978），與國史館合作校註《清史稿》，後由國史館整理增訂出版為《清史稿校註》。故宮也展開編輯和研究的工作，先後出版了多種期刊、專書、目錄，以及書畫、器物、善本古籍、清代文獻等書冊和裱裝畫軸、手卷等。故宮積極選派人員出國培訓、考察，及參與國際學術性活動。主辦數次國際性學術討論會，如五十九年（1970）的「中國古畫討論會」；挑選精品出國參展，在日本大阪的「萬國博覽會」和韓國漢城的「中國展覽會」，均大獲佳評。