司馬遷在自序中說《史記》”凡百三十五篇五十二萬六千五百字，為《太史公書》……藏之名山，副在京師，俟後世聖人君子。“但在司馬遷去世後很長壹段時間，《太史公書》並不為世人所重。藏在京師的，據說皇室曾經要過去看過，並刪去了與武帝有關的內容。今本《武帝本紀》為《封禪書》的節選。藏在名山的，據說是在司馬遷的女兒家（受宮刑前的），後由其外孫楊惲傳出。但幾經戰火，兩個本子都已失傳。現在的史記都是後世各種抄本傳下來的。世代轉抄，與原書是有壹定出入的。
目前最早的版本為南宋黃善夫家塾刻本，這也是公認為善本，經商務印書館影印收入百衲本《二十四史》。