根據上述職責，四川省中醫藥管理局設5個內設機構：
（壹）辦公室（政策法規與監督處）。
負責機關文電、會務、機要、檔案、績效管理、政務督導、政務公開、新聞宣傳、來信來訪、信息傳遞、安全保密、財務、後勤等工作；起草中醫藥地方性法規、規章草案，組織擬訂有關標準；負責有關行政審批事項，承辦有關行政復議、行政應訴及機關有關規範性文件的審核工作；承辦中醫醫療機構、執業人員、醫療服務及中醫藥廣告的監管工作；規範中醫醫療秩序，督辦重大中醫醫療違法案件；承擔中醫藥文化建設、中醫藥防病治病知識普及宣傳工作；承辦四川省中醫藥工作廳際協調小組辦公室的具體工作。
（二）規劃財務處。
擬訂全省中醫藥事業中長期發展和資源配置規劃；負責中央和省財政下達的全省中醫藥專項資金、基建投資、項目經費的管理和局機關及直屬單位的經費預算、決算管理；負責全省中醫藥信息統計工作；組織實施直屬單位政府集中招標采購管理工作；承辦直屬單位財務審計、國有資產監管和權限內基本建設項目的審核或審批等工作；統籌中醫藥扶持和貸款資金的合理利用；參與擬訂中醫藥醫療服務項目、價格標準、基本醫療保險等相關政策及管理辦法。
（三）醫政處（民族醫藥與基層中醫處）。
擬訂全省中醫藥防治重大疾病規劃並組織實施；擬訂中醫、中西醫結合、民族醫醫療和保健機構及其技術應用的管理規範和標準並監督實施；指導和組織實施農村衛生、社區衛生服務中的中醫藥工作；擬訂中醫醫療、預防、保健、康復、護理、臨床用藥等管理規範和技術標準並監督實施，指導中醫醫院和其他醫療機構的中醫業務，監督實施中醫醫療、保健等人員的執業資格、服務規範；參與擬訂全省基本藥物目錄的有關工作；參與組織突發公***衛生事件的應急處理。
（四）科技處。
擬訂全省中醫藥科學研究、技術開發規劃並組織實施；指導中醫藥科研條件和科技能力建設；組織和管理中醫藥重點科研項目，促進中醫藥科技成果的轉化、應用和推廣；組織開展傳統中醫藥、民族醫藥古籍和診療技術的發掘、整理、總結與提高以及中藥資源的普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用；提出保護中醫非物質文化遺產的建議；參與擬訂中藥產業發展規劃和產業政策。
（五）人事教育處（國際合作處）。
組織擬訂全省中醫藥人才發展規劃，參與擬訂中醫藥專業技術人員資格標準並組織實施；按照管理權限負責局機關及直屬單位的機構編制和人事工作；擬訂全省中醫藥中等教育、職業教育、成人教育、師承教育、繼續教育和相關人才培訓的發展規劃並組織實施；參與指導中醫藥教育教學改革；開展中醫藥界與國際和港澳臺地區的交流合作；聯系有關學術團體的工作。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群和紀檢監察工作。